Concordo con la risposta generale di moscafj: non esiste una "regola" pan-italiana come questa nella cucina italiana. È comune mescolare i due in molte regioni italiane, ed è certamente comune in altre cucine del mondo.
D'altra parte, non respingerei questa storia in modo sfuggente o come una stranezza di un pazzo compagno di stanza.
Sono cresciuto vicino a un vecchio vicino italiano, figlia di immigrati italiani. Anche sua suocera viveva con lei, un'immigrata italiana diretta nata intorno al 1900 (immigrata qualche tempo prima della metà del secolo). In casa loro era una regola assoluta che cipolla e aglio non fossero mai combinati nello stesso piatto. E sì, hanno associato questo con "il Vecchio Paese".
Purtroppo, non so da quale regione provenissero ed entrambi sono morti molto tempo fa. E non vorrei trasmettere questo aneddoto qui se non avessi fatto alcune rapide ricerche su Internet e scoperto che alcune persone hanno chiesto cose simili su vari forum su Internet riguardanti la cucina italiana. E sia Mark Bittman che Gino D'Acampo hanno apparentemente trasmesso storie secondo cui i cuochi italiani hanno detto loro la stessa cosa. (Non ho rintracciato i collegamenti alle fonti originali, ma non ho motivo di dubitare che questi post sul forum stiano semplicemente inventando queste cose.)
Ho mangiato cibo in Italia che conteneva chiaramente entrambi. Conosco italiani a cui piace cucinare e non li ho mai sentiti parlare di questo. D'altra parte, ho sentito questa particolare "regola" un paio di volte e sembra associata solo alla cucina italiana. Non sono davvero interessato a cercare di rintracciare ulteriori informazioni su di esso, ma mi sembra che sia almeno parte della "tradizione" di cucina per alcuni italiani, forse da una determinata regione o qualcosa del genere.
EDIT: Solo per una fonte italiana che sembra fare riferimento al problema, vedi qui . Dopo una discussione sugli usi separati di cipolla e aglio, sorge la domanda se usarli insieme:
Il dubbio, a questo punto, viene: è possibile utilizzare aglio e cipolla insieme? La questione divide da sempre gli appassionati di cucina.
Fondamentalmente, questo passaggio implica fortemente che ci sono cuochi appassionati là fuori che discutono sulla possibilità di combinare i due. (Il collegamento prosegue sostenendo che è possibile, ma ciononostante fa riferimento a questa domanda come se fosse una controversia comune.) Il paragrafo di apertura implica anche che ci sono regole fisse tradizionali che dettano le occasioni specifiche in cui potrebbero essere adeguatamente combinate.