Quali strumenti open source sono disponibili per visualizzare le vibrazioni molecolari?

Vorrei visualizzare una vibrazione molecolare che non è una modalità normale. Vorrei presentare una rappresentazione statica e vettoriale del movimento e vorrei una certa flessibilità nello stile del vettore (dimensioni, colore, ecc.). Sono anche interessato a produrre un video della vibrazione.

Quali sono alcune buone risorse per visualizzare le vibrazioni molecolari?

La mia preferenza è per gli strumenti open source, ma mi divertirò a usare software commerciale se è davvero meglio delle alternative.

Sarebbe PyMOL o VMD essere uno strumento adatto per le vostre esigenze video? (VMD include almeno le funzionalità di scripting Tk / Tcl.) Per utilizzare VMD sarebbe necessaria una descrizione simile alla PDB della geometria; questo sarebbe probabilmente sufficiente anche per Pymol (ma non ho usato Pymol, quindi forse qualcun altro può commentarlo).

Il modo in cui lo farei sarebbe probabilmente:

1. Inserisci la geometria molecolare in Avogadro
2. Imposta la vista esattamente come la voglio
3. Esporta a POVRay , non eseguendo il rendering ma mantenendo il file di input
4. Scopri quale atomo è quale nel file POVRay
5. Aggiungi vettori usando cilindri e coni (probabilmente usando una macro per definire un vettore per renderlo più facile e visivamente coerente)

Avogadro può anche eseguire il rendering di sequenze di input in formato XYZ per animazioni usando POVRay e ffmpeg, ma non è qualcosa che ho provato dal momento che sto usando Windows al momento e Avogadro non sembra avere un'opzione per specificare dove l'eseguibile povray è se non è sulla tua strada.

Ancora una volta, a seconda che tu sia un appassionato di Python o meno, potresti in alternativa essere in grado di impostare le forze sugli atomi usando la console di Avogadro Python e quindi utilizzare la visualizzazione del vettore di forza in Avogadro, ma non è qualcosa che ho provato neanche.

Non sono a conoscenza di alcuno strumento perfettamente conveniente che ti permetta di inserire direttamente i parametri vibrazionali e visualizzarli o animarli.

Esiste un nuovo plug-in VMD NMWiz che potrebbe essere utile. NMWiz è l'acronimo di Normal Mode Wizard, ma aiuterà a visualizzare qualsiasi vettore che descriva una vibrazione. NMWiz è disponibile nell'ultima versione di VMD, 1.9.1, che è ora in beta testing.

Il formato del file di input per NMWiz è semplice, chiamato NMD . Una linea per le coordinate e un'altra linea per il tuo vettore sono sufficienti. Puoi mostrare le frecce, ridimensionare, ridimensionare, colorarle nel modo desiderato. Può anche generare animazioni (vibrazioni) generando una traiettoria al volo e puoi farne un film di alta qualità usando VMD.

Non sono a conoscenza di alcun strumento già pronto ("punta e clicca") per tale compito. Ma usando una combinazione di

1. Una breve sceneggiatura di Python
2. The Molecular Modeling Toolkit
3. Chimera o VMD

puoi ottenere rapidamente un bel risultato, data la conoscenza di Python. In effetti, uno script molto simile viene fornito come esempio con Molecular Modeling Toolkit. Guarda Esempi / Visualizzazione / vector_field_chimera.py o Esempi / Visualizzazione / vector_field_vmd.py. È necessario sostituire il calcolo della modalità normale con tutto ciò che serve per inserire i dati delle vibrazioni nello script.

Hai guardato in Molekel ? Se hai solo bisogno di sovrapposizioni (non frazionarie) di vibrazioni, Molekel dovrebbe soddisfare le tue esigenze.

NWChem include uno script per trasformare un elenco di coordinate xyz in un film. NWChem è OSS con licenza stile Apache, quindi puoi riutilizzarlo come preferisci.

Per la visualizzazione delle vibrazioni molecolari, uso Molden, ECCE, Avogadro e Jmol. Tutti sono OSS (ECCE è solo di recente). Potresti essere in grado di hackerarli per fare quello che vuoi.