Luoghi per la pubblicazione di articoli che enfatizzano il software

Il software è una parte fondamentale della scienza computazionale ed è sempre più riconosciuto come parte essenziale della documentazione scientifica. Dato il valore dell'utilizzo di codice esistente e ben collaudato, sembra utile comunicare l'esistenza di codici utili nel modo più ampio possibile e attribuire credito ai loro creatori. In un ambiente accademico, questo significa pubblicare alcuni articoli che si concentrano principalmente sul software.

Dove si possono pubblicare opere accademiche il cui obiettivo principale è il software computazionale? Per essere del tutto chiari, mi riferisco a lavori che potrebbero non includere nuove matematiche, algoritmi, ecc., Sono davvero focalizzati sul software.

Sarei anche interessato a ricevere notizie da coloro che hanno inviato tali documenti a queste riviste, com'era l'esperienza e quali luoghi raccomandano.

Riepilogo delle risposte fornite:

• Transazioni su software matematico
• Programmazione scientifica
• Sezione del software SIAM Journal on Scientific Computing (SISC)
• L'archivio del software numerico
• Calcolo della ricerca aperta
• Comunicazioni di fisica dei computer
• Progressi nel software di ingegneria
• Giornale di software statistico
• Giornale di teoria e calcolo chimico
• Codice sorgente per biologia e medicina
• PIÙ UNO
• Rivista internazionale di chimica quantistica
• Epidemiologia
• Informatica in scienze e ingegneria
• Giornale di chimica computazionale
• Sviluppo di modelli geoscientifici
• Journal of Machine Learning Research
• Calcolo della programmazione matematica
• Giornale di software open source
• SoftwareX

Ci sono alcune altre riviste specifiche dell'applicazione da elencare: come Journal of Computational Physics o Computer Physics Communications , che accettano articoli sia sugli algoritmi che sul software utilizzato per implementarli. Se sei nel campo della chimica, Journal of Chemical Theory and Computation potrebbe essere un altro diario da considerare. Tutti questi consentono di pubblicare pacchetti: ho visto dei codici che ho usato discussi in essi. Computer e ingegneria chimica ammette documenti di implementazione del software, ma devono fare qualcosa di originale: non può essere un documento di "avanzamento incrementale".

I progressi nell'ingegneria del software sono buoni e le applicazioni variano abbastanza ampiamente.

Il Journal of Statistical Software è un altro che si concentra sul software, ma è specifico dell'applicazione. Un sacco di R in questo.

Dovrei aggiungere che non ho mai pubblicato in nessuno di questi, quindi non posso parlare con quell'esperienza, ma li seguo e trovo gli articoli di buona qualità.

Ho pubblicato un paio di documenti software. Uno era nel codice sorgente BMC in biologia e medicina - Il progetto di immunologia dei sistemi multiscala: software per la simulazione immunologica basata su cellule e PLoS ONE - SNPpy - Gestione del database per i dati SNP provenienti da Genome Wide Association Studies .

Questi sono due progetti molto diversi. Il primo è un sistema basato su agenti di simulazione scritto per modellare i sistemi immunologici, quindi appartiene alla biologia computazionale. Quest'ultimo è un sistema basato su database per gestire i dati SNP in un contesto GWAS, quindi appartiene alla bioinformatica.

Per quanto riguarda l'esperienza editoriale, il tempo di attesa è stato basso rispetto ai documenti matematici, il che è stato buono. I revisori non mi hanno dato problemi, il che è stato anche un bene. Per contro, la pubblicazione di un documento software richiede follemente tempo. Hai un documento più una base di codice da trattare, per non parlare della documentazione per l'utente.

Una cosa che ho trovato inquietante è che ho visto poche prove che i revisori avevano effettivamente fatto uno sforzo per eseguire il software e zero prove che avevano capito la progettazione del codice o addirittura guardato il codice. Entrambe le riviste sopra avevano due rapporti di revisione ciascuno. Nel primo caso (BMC), un revisore ha indicato di aver tentato di installare / eseguire il software e di aver fallito (un problema che abbiamo affrontato), ma delle quattro recensioni, era l'unico che menzionava specificamente qualcosa sul software reale. La maggior parte dei commenti erano più generali, su questioni scientifiche e sui punti che avevo sollevato nel documento. Nel complesso, ho avuto le sensazioni che i recensori avevano principalmente letto il documento. In un mondo ideale, un revisore avrebbe un certo interesse anche nella progettazione del software e nei dettagli del codice, inclusi problemi come prestazioni, dipendenze, portabilità, estensibilità e test. I revisori di SNPpy hanno chiesto portabilità ed estensibilità. come avevo affermato nel documento che il software era sia portatile che estensibile, ma non credo che abbiano effettivamente esaminato il codice. In tutta onestà, farsi un'idea di cosa sia una base di codice non banale è un duro lavoro, e forse più di quanto ci si possa ragionevolmente aspettare da un revisore non pagato.

Ho usato LaTeX per entrambi questi documenti. Nel caso PLoS, ciò ha comportato un bel po 'di salto attraverso i cerchi per far sembrare il manoscritto come desideravano, dal momento che in realtà non usano LaTeX e stavano eseguendo un programma di conversione. PLoS ha fatto un casino nel convertire le mie figure, che sono state fatte usando TikZ, ed erano molto belle, ma non lo sapresti guardando la loro versione. Vale anche la pena notare che PLoS non fornisce prove manoscritte.

Il Journal of Computational Chemistry (sezione Articoli speciali) e il Journal International of Quantum Chemistry riportano software e algoritmi.

Due che non ho ancora visto in questa lista, che a un certo punto potrebbero interessare qualcuno oltre a me, è l' American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Se hai scritto un software intelligente per realizzare qualcosa a cui gli epidemiologi si preoccupano, potrebbero benissimo pubblicarlo. Ho visto articoli recenti almeno brevi su Macro SAS per realizzare analisi statistiche un po 'più sofisticate, un programma che esegue la regressione del punto di unione e uno che fa alcune cose specifiche del campo con grafici aciclici diretti.

Si scopre che una delle pubblicazioni menzionate era in Epidemiologia : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Nemmeno il diario sospetto fuori e fuori dice che stanno cercando articoli sul software - che si tratti di riviste specifiche per il campo in una disciplina che non è software, ma l'analisi che include il software non è rara, e il collegamento è un esempio di articolo incentrato interamente su un prodotto software.

AJE:

Gli articoli che trattano dell'applicazione pratica di metodi epidemiologici o statistici (come l'implementazione di tecniche statistiche o la valutazione delle strategie di intervista) sono pubblicati in una sezione intitolata Practice of Epidemiology.

Epidemiologia: l'articolo sopra è stato pubblicato come lettera. Accettano anche recensioni di software, se hai un collega amichevole o qualcuno sul campo che potrebbe essere interessato.

So per certo che incoraggiano i supplementi elettronici con il codice, e ho avuto qualcosa di almeno recensito lì con un link a un repository Github.

Lo sviluppo di modelli geoscientifici è un giornale ad accesso aperto per questo scopo. Come altre riviste dell'Unione Geofisica Europea, ha un processo di revisione aperto .

Journal of Machine Learning Research (JMLR) ha una traccia "Software di apprendimento open source". È abbastanza selettivo (che penso sia una buona cosa). Il diario è completamente gratuito (per autori e lettori) ed è gestito da volontari.

La società di ottimizzazione matematica ha recentemente lanciato il Journal

Calcolo della programmazione matematica

Dal loro "Obiettivi e ambito di applicazione":

Mathematical Programming Computation (MPC) pubblica articoli di ricerca originali riguardanti problemi computazionali nell'ottimizzazione matematica. Gli articoli riportano software innovativi, test comparativi, ambienti di modellazione, librerie di dati e / o applicazioni. Una caratteristica principale della rivista è l'inclusione di software e dati di accompagnamento con i manoscritti inviati.

Per quanto riguarda gli argomenti, scrivono:

Gli argomenti trattati in MPC comprendono la programmazione lineare, l'ottimizzazione convessa, l'ottimizzazione non lineare, l'ottimizzazione stocastica, l'ottimizzazione robusta, la programmazione di numeri interi, l'ottimizzazione combinatoria, l'ottimizzazione globale, gli algoritmi di rete e i linguaggi di modellazione.

Informatica in scienze e ingegneria è un'altra opzione. È un ibrido tra una rivista scientifica (con articoli di riferimento) e una rivista (con colonne regolari non referenziate). Pubblica articoli che i suoi lettori potrebbero trovare interessanti. Un articolo sul software dovrebbe quindi contenere materiale interessante, ad esempio sulle tecniche specifiche utilizzate, che sono utili a un pubblico più ampio rispetto al software stesso.

Forse dovrei aggiungere che sono un membro del comitato editoriale di questa rivista.

La programmazione scientifica è un'opzione che consente di concentrarsi sulle tecniche di programmazione utilizzate nella scrittura di software scientifico. (Divulgazione: sono nel comitato consultivo editoriale.)

Ci sono alcune riviste specifiche dell'applicazione

Computer e geoscienze, Computer e fluidi, Computer e strutture,

eccetera.