Complessità delle simulazioni MD

Sono nuovo alle simulazioni di dinamica molecolare (MD). Qual è la complessità di una simulazione di dinamica molecolare in termini di tempo di simulazione? In altre parole, se voglio aumentare il tempo simulato da 10 nanosecondi a 20 nanosecondi, cosa posso aspettarmi in termini di aumento del tempo di esecuzione?

molecular-dynamics complexity

— Daniel Standage
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Le simulazioni di dinamica molecolare sono lineari ( O(n)) nel tempo simulato (supponendo che i singoli timestep ( ) siano invariati). Poiché ogni timestep dipende solo dalla configurazione precedente (e non da nessuna precedente), aumentando il numero di timestep si ottiene un aumento lineare nel tempo. $\Delta t$

— Brian Diggs
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Inoltre, la complessità in termini di dimensioni del sistema simulato in genere si ridimensiona con O (n ^ 2) quando non si usano elettrostatici modificati come il PME.

— Keith Callenberg,

@KeithCallenberg Questo è vero; Non l'ho menzionato poiché la domanda non lo ha posto. Potrebbe essere più completo affermare che si ridimensiona in base a O(n^2)O(t)dove si ntrova la dimensione (numero di particelle) ed tè il numero di fasi temporali (lunghezza del tempo simulata divisa per la dimensione di ciascuna fase temporale).

— Brian Diggs,

È un po 'più complicato di così, vero? Dovrebbe essere O (N ^ 2) se stai studiando sistemi senza cutoff; O (N log N) se stai eseguendo sistemi non caricati con un taglio o sistemi caricati con approcci basati su mesh.

— Aeismail,