Scienza computazionale hpc

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Nel mio programma di dottorato in scienze computazionali, stiamo lavorando quasi esclusivamente in C ++ e Fortran. Sembra che alcuni professori preferiscano l'uno all'altro. Mi chiedo quale sia "migliore" o se uno sia migliore dell'altro in una determinata circostanza.

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È una buona idea usare vector <vector <double>> per formare una classe di matrici per codice di calcolo scientifico ad alte prestazioni?

È una buona idea usare vector<vector<double>>(usando std) per formare una classe di matrici per codice scientifico scientifico ad alte prestazioni? Se la risposta è no. Perché? Grazie

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In quali paradigmi di programmazione dovrei investire se voglio che il mio codice venga eseguito su macchine petascale in futuro?

Da un sondaggio sulla top500 risulta abbastanza chiaro che il settore tende a un aumento esponenziale dei core di elaborazione . I più grandi supercomputer utilizzano tutti MPI per la comunicazione tra nodi, anche se non sembra esserci una chiara tendenza al parallelismo su nodo, con l'approccio più semplice (ma …

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CUDA vs OpenCL alla fine del 2013

In che modo CUDA e OpenCL si confrontano tra loro alla fine del 2013 dal punto di vista di un programmatore? Il mio gruppo sta pensando di provare a utilizzare il calcolo GPU. Ci limiteremmo in modo significativo scegliendo un hardware che supporti solo OpenCL ma non CUDA? Per essere …

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Quando costruire un cluster nel cloud è più economico di crearne uno nel mio laboratorio per le simulazioni MD?

Un cluster di calcolo Amazon EC2 costa circa $ 800- $ 1000 (a seconda del ciclo di lavoro) per core fisico della CPU nel corso di 3 anni. Nel nostro ultimo round di acquisizione hardware, il mio laboratorio ha raccolto 48 core di hardware molto simili a quelli dei cluster …

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Futuro di OpenCL?

Il paradigma di programmazione OpenCL promette di essere uno standard aperto senza royalty per il calcolo eterogeneo. Dovremmo investire il nostro tempo nello sviluppo di software basato su OpenCL? Vantaggi svantaggi?

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Compilatore Intel Fortran: suggerimenti sull'ottimizzazione durante la compilazione

Inizierò con la mia esperienza personale nel nostro laboratorio. Negli ifort 9 e 10 giorni, eravamo piuttosto aggressivi con le ottimizzazioni, compilando con -O3 e flag specifici del processore (-xW -xSSE4.2 per esempio). Ma a partire da ifort 11, abbiamo iniziato a notare: 1. alcune incongruenze nei risultati (perché la …

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Linguaggio di sviluppo software di calcolo scientifico parallelo?

Voglio sviluppare un software di calcolo scientifico parallelo da zero. Voglio alcuni pensieri su quale lingua iniziare. Il programma prevede la lettura / scrittura di dati in file txt e l'esecuzione di calcoli pesanti in parallelo, con molte fattorizzazioni LU e l'uso di solutori lineari sparsi. Le soluzioni candidate che …

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Le GPU attualmente disponibili supportano l'aritmetica in virgola mobile a doppia precisione?

Ho eseguito il codice GROMACS di dinamica molecolare (MD) su un cluster Ubuntu Linux costituito da nodi contenenti 24 CPU Intel Xeon. Il mio particolare punto di interesse risulta essere in qualche modo sensibile alla precisione aritmetica in virgola mobile, quindi ho dovuto eseguire GROMACS in doppia precisione anziché in …

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Diagrammi di ridimensionamento / efficienza paralleli log-log

Gran parte del mio lavoro ruota attorno al miglioramento della scalabilità degli algoritmi e uno dei modi preferiti per mostrare il ridimensionamento parallelo e / o l'efficienza parallela è quello di tracciare le prestazioni di un algoritmo / codice sul numero di core, ad es. dove l' asse rappresenta il …

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Stato del Mac OS in Scientific Computing e HPC

Verso l'alba di OS X, sembrava esserci una grande confusione, almeno nel mondo dei Mac (al momento non ero vicino al calcolo scientifico) riguardo al Mac OS come piattaforma per il calcolo scientifico e le applicazioni HPC. XGrid è venuto fuori dalla scatola, Virginia Tech aveva il suo elaborato cluster …

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Software desktop con risorse HPC per lo scricchiolio dei numeri di back-end

Il nostro gruppo di lavoro produce un'applicazione desktop che simula la prestazione energetica dell'edificio. È un'applicazione .NET e quando l'utente esegue molte simulazioni, può richiedere molto tempo. Le simulazioni sono totalmente parallelizzabili e disponiamo di risorse di calcolo HPC molto significative in "ufficio". Un'idea che abbiamo avuto è quella di …

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Dovrei noleggiare risorse informatiche o acquistare i miei computer

Poiché questa domanda è correlata al calcolo, ho deciso di pubblicare qui. Speriamo che sia visto come appropriato. Ho appena iniziato a eseguire modelli atmosferici e oceanici e mi rendo conto che ho bisogno di più core, memoria e spazio su disco rispetto al mio desktop attuale. La mia istituzione …

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Boost :: mpi o C MPI per applicazioni scientifiche ad alte prestazioni?

La cosa che non mi piace di più di MPI riguarda i tipi di dati (ovvero mappe / maschere di dati) perché non si adattano perfettamente al C ++ orientato agli oggetti. boost::mpisupporta solo MPI 1.1, tuttavia, dal loro sito Web: boost :: mpi è un'interfaccia intuitiva C ++ per …

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Come devo studiare la creazione e la programmazione di sistemi HPC?

Sono in un campo che non fa necessariamente molto lavoro HPC, e quando lo incontra, è spesso il risultato di ricercatori di altri campi che esplorano nuove applicazioni per i loro metodi e simili. In primo luogo ciò significa che non viene mai realmente introdotto nel corso degli studi, o …

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