Sto inserendo un glmermodello nel lme4pacchetto R. Sto cercando una tabella anova con il valore p mostrato al suo interno, ma non riesco a trovare nessun pacchetto adatto. È possibile farlo in R?
Il modello che sto adattando ha la forma:
model1<-glmer(dmn~period*teethTreated+(1|fullName),
family="poisson",
data=subset(dataset,
group=='Four times a year'),
control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))
Risposte:
Se sei disposto ad accontentarti dei test Wald, questo dovrebbe funzionare:
library(lme4)
library(car)
gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
data = cbpp, family = binomial)
Anova(gm1,type="III")
Tuttavia, si noti (da ?Anova) che:
Le denominazioni "tipo II" e "tipo III" sono prese in prestito da SAS, ma le definizioni qui utilizzate non corrispondono esattamente a quelle utilizzate da SAS. Le prove di tipo II sono calcolate secondo il principio di marginalità, testando ogni termine dopo tutti gli altri, tranne ignorare i parenti di ordine superiore del termine; i cosiddetti test di tipo III violano la marginalità, testando ogni termine nel modello dopo tutti gli altri. Questa definizione di test di tipo II corrisponde ai test prodotti da SAS per i modelli di analisi della varianza, in cui tutti i predittori sono fattori, ma non più in generale (ovvero quando vi sono predittori quantitativi). Prestare molta attenzione nel formulare il modello per le prove di tipo III, altrimenti le ipotesi verificate non avranno senso.
Controllerei i tuoi risultati con molta attenzione per assicurarmi che abbiano un senso!
In alternativa, è possibile utilizzare afex::mixedper ottenere tabelle analoghe tramite test del rapporto di probabilità o bootstrap parametrico; quest'ultimo è il più preciso, ma anche il più lento di gran lunga.
Vedi ?pvaluesnel lme4pacchetto per una discussione più generale sul calcolo del valore p nel contesto dei GLMM.