Come confrontare due set di dati con il diagramma QQ usando ggplot2?


11

Sia come statista che come principiante R, ho avuto dei momenti davvero difficili nel provare a generare qqplot con un rapporto di 1: 1. ggplot2 sembra offrire un controllo molto maggiore sulla stampa rispetto ai pacchetti di stampa R predefiniti, ma non riesco a vedere come fare un qqplot in ggplot2 per confrontare due set di dati.

Quindi la mia domanda, qual è l'equivalente di ggplot2 di qualcosa del tipo:

qqplot(datset1,dataset2)

I documenti ggplot2 potrebbero essere utili: docs.ggplot2.org/current/stat_qq.html
Charlie

Risposte:


12

La cosa più semplice da fare è guardare come qqplotfunziona. Quindi in tipo R:

R> qqplot
function (x, y, plot.it = TRUE, xlab = deparse(substitute(x)), 
    ylab = deparse(substitute(y)), ...) 
{
    sx <- sort(x)
    sy <- sort(y)
    lenx <- length(sx)
    leny <- length(sy)
    if (leny < lenx) 
        sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
    if (leny > lenx) 
        sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y
    if (plot.it) 
        plot(sx, sy, xlab = xlab, ylab = ylab, ...)
    invisible(list(x = sx, y = sy))
}
<environment: namespace:stats>

Quindi per generare la trama non ci resta che ottenere sxe sy, cioè:

x <- rnorm(10);y <- rnorm(20)

sx <- sort(x); sy <- sort(y)
lenx <- length(sx)
leny <- length(sy)
if (leny < lenx)sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
if (leny > lenx)sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y

require(ggplot2)
g = ggplot() + geom_point(aes(x=sx, y=sy))
g

qqplot usando ggplot2


2
ggplot2ha un stat_qq(), c'è un modo per usarlo? Sembra essere progettato per confrontare un vettore con una distribuzione teorica, non riuscivo a vedere come usarlo per confrontare due diversi vettori.
Ken Williams,

7
Puoi effettivamente qqplot()fare tutti i calcoli sort/ length/ approxper te: d <- as.data.frame(qqplot(x, y, plot.it=FALSE)); ggplot(d) + geom_point(aes(x=x, y=y))
Ken Williams,

9

Lo uso quando voglio anche una linea normale.

ggplot(data, aes(sample = data$column1)) + stat_qq(color="firebrick2", alpha=1) + geom_abline(intercept = mean(data$column1), slope = sd(data$column1))


0

Se la tua necessità originale è solo quella di controllare le proporzioni, ecco un modo per farlo:

x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1500, 2)

myqq <- function(x, y, ...) {
  rg <- range(x, y, na.rm=T)
  qqplot(x, y, xlim=rg, ylim=rg, ...)
}

myqq(x, y)

trama myqq

Utilizzando il nostro sito, riconosci di aver letto e compreso le nostre Informativa sui cookie e Informativa sulla privacy.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.