Risultati contrastanti della somma dei quadrati di tipo III in ANOVA in SAS e R


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Sto analizzando i dati di un esperimento fattoriale sbilanciato con SASe R. Entrambi SASe Rforniscono una somma di quadrati di tipo I simile ma la loro somma di quadrati di tipo III è diversa l'una dall'altra. Questi sono SASe Rcodici e uscite.

DATA ASD;
INPUT Y T B;
DATALINES;
 20 1 1
 25 1 2
 26 1 2
 22 1 3
 25 1 3
 25 1 3
 26 2 1
 27 2 1
 22 2 2
 31 2 3
;

PROC GLM DATA=ASD;
CLASS T B;
MODEL Y=T|B;
RUN;

Tipo I SS da SAS

Source  DF       Type I SS     Mean Square    F Value    Pr > F
T       1     17.06666667     17.06666667       9.75    0.0354
B       2     12.98000000      6.49000000       3.71    0.1227
T*B     2     47.85333333     23.92666667      13.67    0.0163

Tipo III SS da SAS

Source  DF     Type III SS     Mean Square    F Value    Pr > F
T       1     23.07692308     23.07692308      13.19    0.0221
B       2     31.05333333     15.52666667       8.87    0.0338
T*B     2     47.85333333     23.92666667      13.67    0.0163

Codice R

Y <- c(20, 25, 26, 22, 25, 25, 26, 27, 22, 31)
T <- factor(x=rep(c(1, 2), times=c(6, 4)))
B <- factor(x=rep(c(1, 2, 3, 1, 2, 3), times=c(1, 2, 3, 2, 1, 1)))
Data <- data.frame(Y, T, B)
Data.lm <- lm(Y~T*B, data = Data)
anova(Data.lm)
drop1(Data.lm,~.,test="F") 

Digitare I SS da R

Analysis of Variance Table

Response: Y
          Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)  
T          1 17.067  17.067  9.7524 0.03543 *
B          2 12.980   6.490  3.7086 0.12275  
T:B        2 47.853  23.927 13.6724 0.01629 *
Residuals  4  7.000   1.750                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1   1 

Tipo III SS da R

Single term deletions

Model:
Y ~ T * B
       Df Sum of Sq    RSS     AIC F value  Pr(>F)  
<none>               7.000  8.4333                  
T       1    28.167 35.167 22.5751 16.0952 0.01597 *
B       2    20.333 27.333 18.0552  5.8095 0.06559 .
T:B     2    47.853 54.853 25.0208 13.6724 0.01629 *
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1   1 

Mi sto perdendo qualcosa qui? In caso contrario, quale è corretto Tipo III SS?


Risposte:


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Il tipo III SS dipende dalla parametrizzazione utilizzata. Se ho impostato

  options(contrasts=c("contr.sum","contr.poly"))

prima di correre lm()e poi drop1()ottengo esattamente lo stesso tipo III SS di SAS. Per il dogma della comunità R su questo tema, dovresti leggere Esegesi di Venables su modelli lineari .

Vedi anche: Come si fa un ANOVA SS di tipo III in R con codici di contrasto?


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@Peter Se pensi che possa rientrare in un commento, perché no. Non la penso così, quindi perché non porre una nuova domanda (e un link a questa)?
chl

1
@chl La mia base punto è che gli effetti principali non hanno senso in presenza di interazioni - sono l'effetto quando l'altra variabile è 0. Spesso questo è significativo. Non sono sicuro che valga un'intera discussione.
Peter Flom - Ripristina Monica

3
Concordo sul fatto che ci sono situazioni in cui gli effetti principali possono essere interpretati - Venables ha una linea molto forte - ma ci sono molte situazioni in cui sono difficili. Penso che "non farlo a meno che tu non sappia cosa stai facendo" è un'impostazione predefinita ragionevole ...
Ben Bolker,

1
Quanto segue ripristinerà i contrasti allo standard R? options(contrasts=c("contr.treatment", "contr.poly"))
Rasmus Larsen,

1
si ...........
Ben Bolker,
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