Come calcolare le percentuali di rischio previste da un modello Cox PH?

11

Ho il seguente modello di Cox PH:

(Tempo, Evento) ~ X + Y + Z

Vorrei ottenere il pericolo previste tariffe (sto parlando di tassi di rischio NON hazard ratio) indicati valori specifici di X, Y, Z. So che il pacchetto muhaz R può calcolare le percentuali di rischio osservate, ma sono interessato al modello previsto.

C'è un modo per farlo in R?

r survival hazard cox-model

— niente scorte
fonte

2

Sembra che la tua "equazione" modelli un risultato binario. Ora, il modello di PH di Cox si occupa dei dati di sopravvivenza e ciò che si trova sul lato sinistro dovrebbe essere un tasso di rischio ... Penso che dovresti chiarire ...

— Ocram

2

Il modello Cox non stima la funzione di rischio al basale (solitamente indicata come

). Per stimare il tasso di incidenza da un modello, è necessario utilizzare invece un modello di sopravvivenza parametrico.

λ_{0} (t)

$\lambda_0(t)$

— boscovich,

1

C'è qualche ambiguità nella tua domanda. La funzione di pericolo è una probabilità, non un tasso. È la funzione di pericolo che desideri o qualcos'altro?

— Fomite,

16

La funzione nel pacchetto di sopravvivenza R per ottenere il tasso di rischio di base è basehaz.

$e^{\beta}$

Un semplice esempio può aiutare:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

$\exp(-0.1929)=0.8245$ summary(reg_fit) $18\%$

— CarrKnight
fonte

13

La funzione basehaz(dalla risposta precedente) fornisce il rischio cumulativo , non la funzione di rischio (il tasso). Credo che quella domanda riguardasse la funzione di rischio. La stima della funzione di pericolo richiederebbe una specifica del tipo di livellamento (come nella stima della densità). Il Muhazpacchetto R può farlo per un dato campione. Non sono a conoscenza di una funzione che può fare ciò per il rischio di base nel modello Cox. Ho anche bisogno di questo. Penso che dovrò attenuare il rischio cumulativo da solo.

— user21413
fonte