OpenBugs vs. JAGS

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Sto per provare un ambiente in stile BUGS per stimare i modelli bayesiani. Ci sono dei vantaggi importanti da considerare nella scelta tra OpenBugs o JAGS? È probabile che uno sostituisca l'altro nel prossimo futuro?

Userò il Gibbs Sampler scelto con R. Non ho ancora un'applicazione specifica, ma piuttosto sto decidendo quale intallare e apprendere.

— DANB
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domanda simile: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— Curioso

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BUGS / OpenBugs ha un peculiare sistema di compilazione che ha reso la compilazione del codice difficile o impossibile su alcuni sistemi - come Linux (e IIRC OS X) dove le persone dovevano ricorrere all'emulazione di Windows, ecc.

Jags, d'altra parte, è un progetto completamente nuovo scritto con strumenti GNU standard e quindi portabile praticamente ovunque - e quindi utilizzabile ovunque.

Quindi in breve, se il tuo sistema è Windows, allora hai una scelta e un potenziale costo per rimanere bloccato su Bugs se ti sposti. Se non sei su Windows, è probabile che Jags sia la scelta migliore.

— Dirk Eddelbuettel
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In Windows Window l'emulazione non è necessaria, la libreria condivisa può essere utilizzata direttamente. Solo la GUI non funziona in questo modo, ma questo non dovrebbe essere un problema per DanB perché vogliono invocarlo da R.

— GaBorgulya,

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@GaBorgulya Nonostante ciò, se stessi scegliendo tra due strumenti, sceglierei lo strumento che ha funzionato completamente sul mio sistema scelto.

— Fomite,

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Allo stato attuale, il pacchetto BRugs non è supportato su Linux a 64 bit, come indicato nella documentazione, e ciò può causare problemi come quello che ho affrontato in C non riesce a compilare quando si cerca di capire come usare plot.coda con il mcmc.list output da rjags in due domande su questo sito e SO che rimangono senza risposta.

— David LeBauer,

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Per coloro che trovano questa domanda in fondo alla strada: ora c'è anche Stan . Stan potrebbe un giorno sostituire OpenBUGS e JAGS, ma non supporta ancora tutte le analisi che fanno questi altri pacchetti.

— Jack Tanner
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Quasi un anno dopo, ho pensato di commentare questo. Gli sviluppatori sembrano dedicati e le cose che hanno intenzione di aggiungere ad esso (inferenza variazionale!) Indicano che Stan sostituisce inevitabilmente OpenBUGS e JAGS. Detto questo, non mi fido al momento e per ora lo userei solo quando JAGS non è un'opzione. Sembra richiedere più modifiche per ottenere risultati sensati in problemi complicati, piuttosto che meno. Stan non usa affatto il campionamento di Gibbs e per problemi in cui so che Gibbs funzionerà non posso giustificarlo. Penso che in futuro questi problemi saranno risolti, però.

— ragazzo,

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@MattTagg Non credo che la mia valutazione sia cambiata, ma non sono un esperto. L'ho usato molto e sono migliorato, ma non ho tenuto il passo con tutti i loro sviluppi. Ci sono un sacco di modelli in cui vorrei poter mescolare NUTS con semplici aggiornamenti di campionamento di Gibbs (un mix di JAGSed STANessenzialmente), ma questo non sembra essere all'orizzonte presto, STANanche se è certamente possibile farlo.

— ragazzo,

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bello, buono a sapersi grazie. sta per iniziare a lavorare con la nuova edizione di "Doing Bayesian Data Analysis" con esempi aggiornati in JAGS e STAN.

— cavalcata

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Ricontrollando per vedere il confronto più attuale di JAGS e STAN. Quale è meglio ora e quale è più probabile che sia migliore in futuro?

— itpetersen,

È stata pubblicata una domanda che chiede aiuto per tradurre un modello di bug in stan: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato.

— Krantz,

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Ti consiglio di fare jag su openbugs per motivi di velocità. Ho provato entrambi su un sistema Linux e jags è molto più veloce.

— MRA
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questo potrebbe essere specifico per ogni problema ...

— Ben Bolker,

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Trovo che jags funzioni più agevolmente in Linux, ed è più facile da configurare, ma al momento non supporta le analisi spaziali supportate da GeoBUGS. Quindi, uso OpenBUGS.

— astaines
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