Una brutta limitazione dello gnomo a monte è che l'utilizzo di Nautilus è codificato, ad esempio, nel Pannello di Gnome. Ciò fa sì che Nautilus Elementary sostituisca il pacchetto nautilus e l'eseguibile nautilus invece di creare un progetto separato. Ciò impedisce inoltre agli utenti di utilizzare file manager alternativi come Pcmanfm.
Forse Canonical dovrebbe sviluppare alcune misure per consentire all'utente di scegliere il proprio file manager in Unity?