mettere in pausa uno script bash fino al termine dei comandi precedenti

Ho uno script bash che assomiglia al seguente:

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Vorrei crearne un altro per il ciclo dopo il primo per continuare per altri 30. Ad esempio

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Vorrei che il primo set di lavori terminasse prima di iniziare il nuovo set. Ma a causa di nohupciò sembra che vengano eseguiti tutti contemporaneamente.

Ho nohupperché accedo in remoto al mio server e inizio i lavori lì e quindi chiudo la mia bash. C'è una soluzione alternativa?

Ti consigliamo di utilizzare il waitcomando per farlo per te. Puoi acquisire tutti gli ID dei processi figlio e attenderli in modo specifico, oppure se sono gli unici processi in background creati dallo script, puoi semplicemente chiamare waitsenza un argomento. Per esempio:

#!/bin/bash
# run two processes in the background and wait for them to finish

nohup sleep 3 &
nohup sleep 10 &

echo "This will wait until both are done"
date
wait
date
echo "Done"

Alcuni punti:

• Se il tuo obiettivo nohupè impedire a un'uscita della shell remota di uccidere i tuoi processi di lavoro, dovresti utilizzare nohuplo script stesso, non i singoli processi di lavoro che crea.

• Come spiegato qui , nohupimpedisce solo ai processi di ricevere SIGHUP e di interagire con il terminale, ma non interrompe la relazione tra la shell e i suoi processi figlio.

• A causa del punto sopra, con o senza nohup, un semplice waittra i due forloop farà foreseguire il secondo solo dopo che tutti i processi figlio avviati dal primo forsono terminati.

• Con un semplice wait:

  tutti i processi figlio attualmente attivi sono attesi e lo stato di ritorno è zero.

• Se devi eseguire il secondo forsolo se non ci sono errori nel primo, dovrai salvare il PID di ciascun lavoratore $!e passarlo a wait:

  pids=
  for ...
      worker ... &
      pids+=" $!"
  done
  wait $pids || { echo "there were errors" >&2; exit 1; }

Usa il fgbuilt-in. Attende il completamento dei processi in background.

Prova help fgper i dettagli.

Se si inserisce qualcosa come il seguente segmento di codice tra i due forloop, potrebbe essere utile.

flag=0

while [ flag -eq 0 ]
do
  ps -ef | grep "Rscript --vanilla" | grep -v grep > /dev/null
  flag=${?}
  sleep 10
done

Ovviamente, se la tua applicazione Rscriptha la possibilità di non essere completata correttamente e di rimanere in giro, il tuo secondo ciclo potrebbe non avere la possibilità di essere eseguito. Il segmento di codice sopra presuppone che tutti i processi con l'identificatore Rscript --vanillavengano completati e scompaiano correttamente. Senza sapere cosa fa la tua applicazione e come funziona, devo fare affidamento su questo presupposto.

MODIFICARE

Alla luce dei commenti, questo si adatterebbe meglio alle tue esigenze. (include il codice originale e la logica di verifica del completamento)

for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
pids[$i]=${!}
done

flag=0

while [ flag -eq 0 ] 
do
  for PID in $(echo ${pids[@]})
  do
    flag=1
    ps -ef | grep ${PID} | grep -v grep >/dev/null; r=${?}
    if [ ${r} -eq 0 ]
    then 
      flag=0
    fi
  done
done

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done