Unix & Linux awk

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Sostituzione di voci corrispondenti in una colonna di un file con un'altra colonna di un altro file

Ho due file separati da tab che si presentano come segue: file1: NC_008146.1 WP_011558474.1 1155234 1156286 44173 NC_008146.1 WP_011558475.1 1156298 1156807 12 NC_008146.1 WP_011558476.1 1156804 1157820 -3 NC_008705.1 WP_011558474.1 1159543 1160595 42748 NC_008705.1 WP_011558475.1 1160607 1161116 12 NC_008705.1 WP_011558476.1 1161113 1162129 -3 NC_009077.1 WP_011559727.1 2481079 2481633 8 NC_009077.1 WP_011854835.1 1163068 …

8 awk

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Manipola il formato scientifico senza la "e"

Sto cercando di manipolare un file che contiene numeri in notazione scientifica, ma senza il esimbolo, cioè 1.2e+3è scritto come 1.2+3. La cosa più facile ho pensato di fare con awkera quello di sostituire +con e+, utilizzando la gsubfunzione di e fare il mio calcolo nel nuovo file. Lo stesso …

8 text-processing awk

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Fare riferimento agli elementi dell'array mediante stringhe e inizializzare gli array in awk

#!/usr/bin/env bash awk ' BEGIN { arr[A]=1; arr[B]=1; arr[C]=1; arr[E]=1; arr[J]=8; arr[Q]=10; print arr[J] }' il comando sopra emette l'ultimo valore impostato per arr['subscript'], in questo caso 10questo è il valore di arr[Q]poco prima printe non 8quello di arr[J]. Inoltre, come nello script sopra, non voglio assegnare valori a arr['A'], …

8 awk array

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Eliminazione di una parte di un file di testo e delle seguenti righe usando sed

Devo modificare un file come il seguente: auto wlx00 allow-hotplug wlx00 iface wlx000 inet dhcp iface wlx000 inet6 auto post-up sysctl -w net.ipv6.conf.wlx000.accept_ra=2 auto wlx000 l'obiettivo è quello di eliminare le righe che iniziano con 'iface ... inet6' e anche di eliminare quelle che iniziano con lo spazio (può essere …

8 text-processing awk sed

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Delimita dallo spazio ma ignora lo spazio di barra rovesciata

5678 [] testing,\ group [] [testing [] ip\ 5.6.7.8 [] launch-wizard-1 0.0.0.0/0 456dlkjfa [] 1.2.3.4 [] test 1.2.3.4/32 4.3.2.0/23 4.3.2.0/23 default 4.3.2.0/23 4.3.2.0/23 launch-wizard-2 0.0.0.0/0 launch-wizard-3 0.0.0.0/0 2.3.4.5/32 [] Vorrei ottenere la prima colonna di quanto sopra, ma il trucco è che, devo trattare \ (spazio barra rovesciata) come parte …

8 text-processing awk sed

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Come posso unire le righe di due file con intestazioni comuni?

Voglio unire due file in base ai dati comuni presenti in essi come intestazione. Di seguito è riportato l'esempio file1 >Feature scaffold1 1 100 g 101 200 g 201 300 g >Feature scaffold2 1 100 g 01 500 g >Feature scaffold3 10 500 g >Feature scaffold4 10 300 g File …

8 text-processing awk sed

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Come aggiungere una stringa a un file .txt in tutte le righe escludendo pochi caratteri usando sed o awk

Ho un file di testo chiamato xid.txt: xid: SC48028 id: artf398444 xid: indv1000 id: indv24519 xid: SC32173 id: artf398402 xid: SC21033 id: artf398372 xid: 1001 id: tracker4868 xid: wiki1000 id: wiki10709 xid: proj1234 id: proj12556 Ho bisogno di aggiungere una stringa "PT_" prima di "SC48028", "SC32173" ... e così via. …

8 text-processing awk sed

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Rileva argomento funzione opzionale (scalare)

Considera questo script: function alfa(bravo, charlie) { if (charlie) return "charlie good" else { return "charlie bad" } } BEGIN { print alfa(1, 1) print alfa(1, 0) print alfa(1, "") print alfa(1) } Risultato: charlie good charlie bad charlie bad charlie bad Awk ha un modo per dire quando non …

8 awk function arguments

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Come stampare la prima colonna della riga successiva nella riga corrente?

Ho alcuni file come questo: abc 123 abc 789 bcd 456 acb 135 Vorrei stampare la prima colonna della riga successiva nella riga corrente. Uscita desiderata: abc 123 abc abc 789 bcd bcd 456 acb acb 135 Preferisco usare awk.

8 text-processing awk

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Sostituisci tutti i valori in una colonna su 1

Ho più file di testo contenenti 12 righe e 3 colonne. Esempio: 2 6 0.74 42 6 0.58 80 6 0 112 6 0.24 132 6 1 216 6 0.7 342 6 0 390 6 0.21 432 6 0.56 466 6 0.75 524 6 0.6 646 6 0.9 Voglio impostare …

8 text-processing awk sed grep replace

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Confronto fianco a fianco di più di due file contenenti valori numerici

Ho tre file contenenti una sequenza ordinata di numeri, uno per riga: file1 1 2 3 file2 1 3 4 file3 1 5 Voglio "allineare" questi tre file fianco a fianco come il seguente: file1 file2 file3 1 1 1 2 3 3 4 5 Ho provato con sdiffma funziona …

8 text-processing awk diff

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Trap Ctrl-C nello script awk

Credo Ctrl- Cpuò essere intrappolato negli script bash. È anche possibile intrappolarlo all'interno di uno script Awk per gestire quell'evento? Ad esempio, per interrompere l'elaborazione, ma stampare i risultati di ciò che è già stato elaborato, invece di smettere di fumare?

8 shell-script awk trap

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Come rilevare programmaticamente il sapore di awk (ad esempio gawk vs nawk)

Sto usando un'applicazione a riga di comando che è essenzialmente una raccolta di script shell bash. L'applicazione è stata scritta per essere eseguita su BSD / OSX e anche su Linux. Uno degli script si basa su awk. Contiene due comandi awk: uno scritto per nawk (l'implementazione standard di BSD …

8 shell-script awk portability

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Divisione del file per ogni 10000 numeri (non righe)

Ho un file simile al seguente: chr19 61336212 + 0 0 CG CGT chr19 61336213 - 0 0 CG CGG chr19 61336218 + 0 0 CG CGG chr19 61336219 - 0 0 CG CGC chr19 61336268 + 0 0 CG CGG chr19 61336269 - 0 0 CG CGA chr19 61336402 …

8 text-processing awk split

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awk non finisce

Ho il seguente codice in un file chiamato awktest1.awk: #!/bin/awk -f BEGIN{print "start"} {print $2, "\t", $5} END{print "end"} employee.txt dove employee.txtcontiene i seguenti dati: 100 Thomas Manager Sales $5,000 200 Jason Developer Technology $5,500 300 Sanjay Sysadmin Technology $7,000 400 Nisha Manager Marketing $9,500 500 Randy DBA Technology $6,000 …

8 shell-script awk

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