Strumenti per i Webmaster ha una bella funzione chiamata "Rendimento del sito", nella sezione Labs. Mostrerà un grafico del tempo medio di caricamento negli ultimi mesi. A meno che il tuo sito non sia completamente statico con poco traffico, sarà quasi sicuramente nell'area rossa, quindi non preoccuparti.
In alcuni casi (presumo per siti più grandi) elenca alcune delle tue pagine più lente e alcuni suggerimenti per migliorare la velocità delle pagine. Questi suggerimenti provengono dallo strumento Page Speed di Google, quindi la soluzione migliore è installarlo e lo strumento YSlow di Yahoo, per aiutare a diagnosticare eventuali problemi di velocità. Cerca anche in Pro Webmaster e Stack Overflow, qui ci sono diverse domande su come migliorare la velocità del sito.
Non credo che Google Analytics abbia qualcosa che mostri la velocità della pagina. C'è una pagina "Velocità di connessione", che mostra presumibilmente la velocità di Internet dei tuoi visitatori, ma per me questo ha sempre mostrato "Sconosciuto" e nient'altro.
In termini di usabilità, le "macchine" non possono davvero aiutarti in quanto è una reazione umana. Fai qualche test utente da solo. L'accessibilità è un obiettivo utile; come al solito Wikipedia ha molte informazioni. Ci sono anche liste di controllo dell'accessibilità, basta cercarle.
Per la SEO generale, ti consigliamo di tenere d'occhio le tue prime pagine e riferire le parole chiave in Google Analytics. Utilizza lo strumento AdWords di Google per verificare se ci sono importanti frasi di ricerca che stai perdendo.
GWT ha anche molte caratteristiche. "Query di ricerca" mostra ciò che i tuoi visitatori stanno cercando, in modo simile a GA. Qui, tuttavia, puoi ordinare in base alla posizione di ricerca media, ai clic e alla percentuale di clic per trovare potenziali miglioramenti. "Link al tuo sito" è anche abbastanza utile.