La dimensione della tabella non è davvero il problema, potrebbero essere le query che stai eseguendo su quella tabella.
Ad esempio, se si selezionano gli utenti in base ai dati memorizzati nella tabella meta-utente, tale query sarà altamente non ottimizzata, poiché meta_value non è un campo indicizzato. Nel qual caso potrebbe essere necessario aggiungere ulteriori indici o considerare la memorizzazione di quei dati particolari in un modo diverso, ad esempio con una tassonomia personalizzata.
In generale, le cose che memorizzi come meta non dovrebbero mai essere qualcosa su cui cercherai esclusivamente. Questo vale per tutte le meta tabelle in WordPress. Meta è principalmente progettata per essere estratta dal meta_key, non dal meta_valore. Le tassonomie limitano i possibili valori a un set e organizzano le informazioni in modo diverso, quindi funzionano meglio quando il "valore" conta come quello che stai selezionando.
Nota: selezionare sia meta_key che meta_value va generalmente bene, perché mySQL ottimizzerà la query in modo da basarsi prima sulla meta_key, riducendo la quantità di dati da cercare a un limite (si spera) gestibile. Se anche questo diventa un problema, puoi "risolverlo" aggiungendo un nuovo indice alla meta tabella con sia meta_key che meta_value sull'indice, tuttavia poiché meta_value è LONGTEXT, devi limitare la lunghezza di quell'indice a qualcosa di ragionevole, come 20-30 o qualcosa del genere, a seconda dei tuoi dati. Nota che questo indice potrebbe essere molto, molto più grande dei tuoi dati reali e aumenterà drasticamente lo spazio di archiviazione necessario. Tuttavia, sarà molto più veloce in questi tipi di query. Consultare un DBA qualificato se questo diventa mai un vero problema.
Per riferimento, su WordPress.org abbiamo registrato circa 11 milioni di utenti. La quantità di meta varia per utente, con probabilmente un minimo di 8 righe per, e forse un massimo di circa 250 ish. La tabella degli utenti è di circa 2,5 GB, la tabella usermeta di circa 4 GB. Sembra funzionare bene, per la maggior parte, ma ogni tanto troviamo qualche query strana che dobbiamo ottimizzare.