Jed Brown ha descritto l'approccio tradizionale utilizzato nei modelli in scala mesoscale e su scala più ampia. In realtà, in microscala molti modelli atmosferici sono molto vicini ai tradizionali codici CFD, usano discretizzazioni di volume finito simili, griglie 3D simili dove la verticale viene trattata in modo simile come orizzontale, e così via. A seconda delle risoluzioni, anche funzioni come gli edifici vengono risolte con gli stessi approcci noti dall'ingegneria CFD, come i metodi di contorno immersi o le griglie montate sul corpo.
È possibile incontrare tutte le tecniche di discretizzazione che conosci dal CFD ingegneristico, come differenze finite, volumi finiti, elementi pseudo-spettrali e persino finiti. Gli stessi metodi di correzione della pressione (passo frazionario) sono spesso usati per risolvere le equazioni incomprimibili di Navier-Stokes (con i termini Boussinesq o anelastici per galleggiamento).
Naturalmente, vengono comunemente utilizzate diverse parametrizzazioni per i flussi di calore e di momento vicino alla superficie, tenendo conto delle specificità delle interazioni terra-superficie come la somiglianza Monin-Obukhov o altre relazioni semi-empiriche.
L'intero metodo di simulazione a largo raggio (LES), ora molto popolare in ingegneria, in realtà ha origine nella meteorologia degli strati limite. Direi anche che molti modellatori atmosferici su questa scala non esiterebbero affatto a chiamare il loro lavoro CFD.
In molte (ma non in tutte) le applicazioni devi anche aggiungere la forza di Coriolis. Gli schemi non devono essere ben bilanciati, ma è solo una forza di volume aggiuntiva. Se calcoli anche processi come formazione di nuvole, precipitazioni e radiazioni, le cose si complicano, ma lo stesso vale per i modelli di ingegneria che risolvono la cinetica di reazione, la combustione e simili.
Questa classe di modelli include anche la contabilità delle interazioni oceano-atmosfera richieste, vedere ad esempio https://ams.confex.com/ams/pdfpapers/172658.pdf