Sto cercando di utilizzare lme
dal nlme
pacchetto per replicare i risultati da aov
ANOVA per misure ripetute. L'ho fatto per un esperimento di misure ripetute a fattore singolo e per un esperimento a due fattori con un fattore tra soggetti e un fattore tra soggetti, ma ho difficoltà a farlo per un esperimento a due fattori con due all'interno -soggetti fattori.
Di seguito è mostrato un esempio. A
e B
sono fattori a effetto fisso ed subject
è un fattore a effetto casuale.
set.seed(1)
d <- data.frame(
Y = rnorm(48),
subject = factor(rep(1:12, 4)),
A = factor(rep(1:2, each=24)),
B = factor(rep(rep(1:2, each=12), 2)))
summary(aov(Y ~ A*B + Error(subject/(A*B)), data=d)) # Standard repeated measures ANOVA
library(nlme)
# Attempts:
anova(lme(Y ~ A*B, data=d, random = ~ 1 | subject)) # not same as above
anova(lme(Y ~ A*B, data=d, random = ~ 1 | subject/(A+B))) # gives error
Non ho potuto vedere una spiegazione di questo nel libro Pinheiro e Bates, ma potrei averlo trascurato.
aov
richiamo dei PO è semplicemente un modello standard di misure ripetute, che si analizzerebbe con lmerlmer(Y~A*B+(1|subject))
. (Anche se vedi anche questa risposta per modelli più complicati che consentono di stimare la varianza e le correlazioni degli effetti attraverso gli S: stats.stackexchange.com/questions/13166/rs-lmer-cheat-sheet/… )