Domande taggate «computational-biology»

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Analisi dei dati della struttura proteica in C
Il mio background è nella genomica, ma recentemente ho lavorato con problemi legati alla struttura delle proteine. Ho scritto alcuni programmi rilevanti in C, costruendo il mio parser di file PDB da zero nel processo. Non mi preoccupavo di fare un parser veramente robusto, sapevo solo che costruirne uno da …
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Best practice per la descrizione di modelli basati su agenti
Lavoro abbastanza pesantemente in biologia matematica / epidemiologia, dove la maggior parte del lavoro di modellistica / scienza computazionale è ancora dominata da insiemi di ODE, certo a volte insiemi abbastanza elaborati di essi. Uno dei punti di forza di questi modelli è che sono piuttosto facili da descrivere e …
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Come realizzare una buona mesh in un modello biologicamente accurato con domini molto piccoli
Ho cercato di realizzare un modello spaziale 2D biologicamente accurato di strati di tessuto, in cui si verificano diversi processi fisiologici. Ciò include principalmente reazioni chimiche, diffusione e flussi oltre i confini. Sto realizzando questo modello in COMSOL Multiphysics, un pacchetto software ad elementi finiti che risolve diversi tipi di …
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