Scienza computazionale

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Linguaggio di sviluppo software di calcolo scientifico parallelo?

Voglio sviluppare un software di calcolo scientifico parallelo da zero. Voglio alcuni pensieri su quale lingua iniziare. Il programma prevede la lettura / scrittura di dati in file txt e l'esecuzione di calcoli pesanti in parallelo, con molte fattorizzazioni LU e l'uso di solutori lineari sparsi. Le soluzioni candidate che …

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Per quali metodi statistici le GPU sono più veloci delle CPU?

Ho appena installato una scheda grafica Nvidia GT660 sul mio desktop e, dopo qualche difficoltà, riesco a interfacciarlo con R. Ho giocato con diversi pacchetti R che utilizzano GPU, in particolare gputools, e stavo confrontando il tempo impiegato dalla mia GPU e CPU per eseguire alcune operazioni di base: invertire …

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Come si determina il gruppo di punti di una molecola?

Sei riuscito a scoprire finalmente come gli atomi sono disposti spazialmente sulla tua entità molecolare appena scoperta. Attraverso, diciamo, mezzi spettroscopici, ora sei in possesso di un gruppo di coordinate atomiche, tipi di atomi, lunghezze di legame, tipi di legame e quant'altro per la tua molecola. Ora sei interessato a …

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C ++ Best practice per gestire molte costanti, variabili nei codici scientifici

Sto sviluppando un codice per simulare il flusso di fluidi con sostanze biologiche presenti nel flusso. Ciò comporta le equazioni standard di Navier-Stokes accoppiate ad alcuni modelli biologici aggiuntivi. Ci sono molti parametri / costanti. Ho scritto funzioni per gestire i calcoli principali, ma un problema che sto riscontrando è …

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Le implementazioni BLAS garantiscono lo stesso esatto risultato?

Date due diverse implementazioni BLAS, possiamo aspettarci che eseguano esattamente gli stessi calcoli in virgola mobile e restituiscano gli stessi risultati? O può succedere, ad esempio, che uno calcoli un prodotto scalare come e uno come ( x 1 y 1 + x 2 y 2 ) + ( x …

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Quale versione di Fortran dovrei imparare?

Sono uno studente di ingegneria meccanica interessato al campo dell'ingegneria aerospaziale dove, mi viene detto, Fortran è ancora comunemente usato. Quale versione di Fortran dovrei investire il mio tempo per imparare?

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20% di penalità sulle prestazioni per un piacevole design del software

Sto scrivendo una piccola libreria per calcoli con matrici sparse come un modo per insegnarmi a sfruttare al meglio la programmazione orientata agli oggetti. Ho lavorato molto duramente per avere un bel modello a oggetti, in cui le parti (matrici sparse e grafici che descrivono la loro struttura di connettività) …

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Galerkin discontinuo: vantaggi e svantaggi nodali vs modali

Esistono due approcci generali per rappresentare soluzioni nel metodo discontinuo di galerkin: nodale e modale. Modale : le soluzioni sono rappresentate da somme di coefficienti modali moltiplicate per un insieme di polinomi, ad es. dove ϕ i sono solitamente polinomi ortogonali, ad es. Legendre . Un vantaggio di ciò è …

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Dimensione del file binario vs. ASCII

Ho bisogno di scrivere alcuni dati da un calcolo, che verranno letti in seguito da Paraview (file .vtu o vtk). Per quanto riguarda le dimensioni del file, devo scegliere il formato ASCII o Binary?

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Perché i metodi Runge – Kutta di ordine superiore non vengono usati più spesso?

Ero solo curioso di sapere perché i metodi Runge – Kutta di alto ordine (cioè maggiori di 4) non sono quasi mai discussi / impiegati (almeno per quanto ne so). Capisco che richiede un tempo di calcolo maggiore per fase (ad esempio RK14 con fase incorporata del 12 ° ordine …

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Software di generazione di maglie con script

Sto cercando un software di generazione mesh che è gratuito e open source, fornisce un'interfaccia di scripting sana per le specifiche del dominio, lavora per geometrie complesse, può generare mesh 2D e 3D, Quali opzioni ho?

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Python vs FORTRAN

Quale è meglio: FORTRAN o Python? E credo che in entrambi i casi tu abbia bisogno di Gnuplot, vero? Al momento sto lavorando su una macchina Windows. Vorrei usarlo per ottenere soluzioni numeriche per problemi di fisica, tra cui simulazioni Monte-Carlo, integrazione numerica e differenziazione, dinamica molecolare, ecc. Ho visto …

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Le GPU attualmente disponibili supportano l'aritmetica in virgola mobile a doppia precisione?

Ho eseguito il codice GROMACS di dinamica molecolare (MD) su un cluster Ubuntu Linux costituito da nodi contenenti 24 CPU Intel Xeon. Il mio particolare punto di interesse risulta essere in qualche modo sensibile alla precisione aritmetica in virgola mobile, quindi ho dovuto eseguire GROMACS in doppia precisione anziché in …

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Diagrammi di ridimensionamento / efficienza paralleli log-log

Gran parte del mio lavoro ruota attorno al miglioramento della scalabilità degli algoritmi e uno dei modi preferiti per mostrare il ridimensionamento parallelo e / o l'efficienza parallela è quello di tracciare le prestazioni di un algoritmo / codice sul numero di core, ad es. dove l' asse rappresenta il …

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Svantaggi dell'approssimazione di Newton-Raphson con derivata numerica approssimativa

Supponiamo di avere una funzione fff e di voler trovare XXx tale che . Potrei usare il metodo Newton-Raphson. Ma questo richiede che conosca la funzione derivata . Un'espressione analitica per potrebbe non essere disponibile. Ad esempio, f può essere definito da un pezzo complicato di codice informatico che consulta …

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