Scienza computazionale performance

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Le nostre simulazioni di dinamica del plasma spesso producono troppe informazioni. Durante le simulazioni registriamo varie proprietà fisiche su una griglia (x, y, z, t) grande quanto (8192x1024x1024x1500), per almeno 10 proprietà. Queste informazioni vengono elaborate al termine della simulazione. Con esso noi fare film di proprietà, eseguire un'analisi di …

14 performance io data-management

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C'è qualche vantaggio nella compilazione di LAPACK dal sorgente rispetto all'installazione del pacchetto precompilato da Ubuntu?

So che ATLAS è in grado di ottimizzarsi per la macchina su cui è compilato e quindi i massimi benefici si ottengono compilando dalla fonte. C'è qualche vantaggio nella compilazione di LAPACK dalla fonte? Sarebbe molto più semplice installare il pacchetto predefinito.

13 performance lapack

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Calcolo della struttura di sparsità per matrici di elementi finiti

Domanda: quali metodi sono disponibili per calcolare in modo accurato ed efficiente la struttura di sparsità di una matrice di elementi finiti? Info: sto lavorando su un risolutore di equazioni di pressione di Poisson, usando il metodo di Galerkin con una base quadratica di Lagrange, scritto in C, e usando …

13 matrix finite-element petsc performance

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Utilizzo della memoria in fortran quando si utilizza un array di tipo derivato con puntatore

In questo programma di esempio sto facendo la stessa cosa (almeno la penso così) in due modi diversi. Sto eseguendo questo sul mio PC Linux e monitorando l'utilizzo della memoria con top. Usando gfortran trovo che nel primo modo (tra "1" e "2") la memoria utilizzata sia di 8,2 GB, …

13 performance fortran

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Conteggio FLOP per le funzioni di libreria

Quando si valuta il numero di FLOP in una semplice funzione, spesso si può semplicemente abbassare l'espressione calcolando gli operatori aritmetici di base. Tuttavia, nel caso di affermazioni matematiche che coinvolgono una divisione uniforme, non si può fare questo e aspettarsi di essere in grado di confrontare con i conteggi …

13 performance complexity floating-point

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Qual è il modo più veloce per calcolare tutti gli autovalori di una matrice di adiacenza molto grande e sparsa in Python?

Sto cercando di capire se esiste un modo più veloce per calcolare tutti gli autovalori e gli autovettori di una matrice di adiacenza molto grande e sparsa rispetto all'uso di scipy.sparse.linalg.eigsh Per quanto ne so, questo metodo utilizza solo la scarsità e attributi di simmetria della matrice. Una matrice di …

12 linear-algebra python performance eigensystem scipy

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Octave: calcola la distanza tra due matrici di vettori

Supponiamo che io abbia due matrici Nx2, Mx2 che rappresentano rispettivamente i vettori N, M 2d. Esiste un modo semplice e buono per calcolare le distanze tra ciascuna coppia di vettori (n, m)? Il modo semplice ma inefficiente è ovviamente: d = zeros(N, M); for i = 1:N, for j …

12 performance octave vectorization

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In quali casi applicativi gli schemi di precondizionamento additivo sono superiori a quelli moltiplicativi?

In entrambi i metodi di decomposizione del dominio (DD) e multigrid (MG), si può comporre l'applicazione degli aggiornamenti di blocco o correzioni grossolane come additivi o moltiplicativi . Per i risolutori puntuali, questa è la differenza tra le iterazioni Jacobi e Gauss-Seidel. Il valore più uniforme per agisce come viene …

12 linear-algebra performance multigrid domain-decomposition

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Qual è la struttura sottostante delle prestazioni del codice scientifico?

Prendi in considerazione due computer con diverse configurazioni hardware e software. Quando si esegue esattamente lo stesso codice seriale di Navier-Stokes su ciascuna piattaforma, ci vuole xey per eseguire una iterazione per il computer 1 e 2, rispettivamente. In questo caso, , è la differenza di tempo di iterazione tra …

11 performance iterative-method navier-stokes

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Modelli statistici per memoria / calcolo locale, latenza di rete e jitter della larghezza di banda in HPC

Il calcolo parallelo è spesso modellato utilizzando un tasso locale deterministico di calcolo, sovraccarico di latenza e larghezza di banda della rete. In realtà, questi sono spazialmente variabili e non deterministici. Studi come Skinner e Kramer (2005) osservano distribuzioni multimodali, ma l'analisi delle prestazioni sembra utilizzare sempre distribuzioni deterministiche o …

11 performance hpc statistics

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Come implementare una funzione di indicizzazione efficiente per due integrali di particelle <ij | kl>?

Questo è un semplice problema di enumerazione della simmetria. Fornisco qui il quadro completo, ma non è necessaria alcuna conoscenza della chimica quantistica. L'integrale di due particelle è: ⟨ i j | k l ⟩ = ∫ ψ * i ( x ) ψ * j ( x ' ) …

11 algorithms performance

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Nvidia K20X vs GeForce Titan per accelerazione GPGPU

Sto cercando di capire la differenza tra queste due schede grafiche per il calcolo accademico, in particolare per il componente DGEMM. Se osserviamo le statistiche grezze, entrambe hanno lo stesso chip GK110, statistiche comparabili praticamente in ogni categoria e, credo, hanno la stessa architettura di base. Prima di qualsiasi sconto, …

10 performance gpu efficiency

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Qual è l'impatto della semantica del movimento C ++ 11 nel contesto dell'informatica scientifica?

C ++ 11 introduce la semantica di spostamento che può, ad esempio, migliorare le prestazioni del codice in situazioni in cui C ++ 03 dovrebbe eseguire una costruzione o assegnazione di copie. Questo articolo riporta che il codice seguente presenta una velocità 5x quando viene compilato con C + 11: …

10 finite-element performance c++

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Riferimenti bibliografici per la modellizzazione dei costi energetici attuali e futuri delle operazioni in virgola mobile e dei trasferimenti di dati

Sto cercando la letteratura più importante e i riferimenti slide per la modellazione dei costi energetici attuali e futuri delle operazioni in virgola mobile e dei trasferimenti di dati attraverso CPU, memoria, rete e archiviazione. Ho contrassegnato questa domanda come wiki della comunità e preferirei che tu limitassi ogni risposta …

10 performance architecture exascale

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Qual è l'overhead nella moltiplicazione delle matrici sparse

La moltiplicazione di matrici (sia Mat * Mat, sia Mat * Vec) viene ridimensionata con il numero di non zeri o con le dimensioni della matrice? O una combinazione dei due. Che dire con la forma. Ad esempio, ho una matrice 100 x 100 con 100 valori o una matrice …

10 linear-algebra performance sparse-matrix

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