Statistiche e Big Data mixed-model

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Modellazione lineare ad effetti misti con dati di studio gemellati

Supponiamo di avere una certa certa variabile di risposta yijyijy_{ij} che è stato misurato da jjj esima sibling iii esima famiglia. Inoltre, alcuni dati comportamentali xijxijx_{ij} sono stati raccolti contemporaneamente da ciascun soggetto. Sto cercando di analizzare la situazione con il seguente modello lineare a effetti misti: yij=α0+α1xij+δ1ixij+εijyij=α0+α1xij+δ1ixij+εijy_{ij} = \alpha_0 …

14 mixed-model lme4-nlme covariance-matrix non-independent

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Stima del punto di rottura in un modello lineare spezzato / a tratti con effetti casuali in R [codice e output inclusi]

Qualcuno può dirmi come fare in modo che R valuti il punto di interruzione in un modello lineare a tratti (come parametro fisso o casuale), quando devo anche stimare altri effetti casuali? Di seguito ho incluso un esempio di giocattolo che si adatta a una regressione di un bastone da …

14 r mixed-model lme4-nlme change-point piecewise-linear

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Equivalenza di (0 + fattore | gruppo) e (1 | gruppo) + (1 | gruppo: fattore) specifiche dell'effetto casuale in caso di simmetria composta

Douglas Bates afferma che i seguenti modelli sono equivalenti "se la matrice varianza-covarianza per gli effetti casuali con valori vettoriali ha una forma speciale, chiamata simmetria composta" ( diapositiva 91 in questa presentazione ): m1 <- lmer(y ~ factor + (0 + factor|group), data) m2 <- lmer(y ~ factor + …

13 r anova mixed-model repeated-measures lme4-nlme

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ANOVA fa affidamento sul metodo dei momenti e non sulla massima probabilità?

Vedo menzionato in vari punti che ANOVA fa la sua stima usando il metodo dei momenti. Sono confuso da questa affermazione perché, anche se non ho familiarità con il metodo dei momenti, la mia comprensione è che è qualcosa di diverso e non equivalente al metodo della massima probabilità; d'altra …

13 anova mixed-model maximum-likelihood method-of-moments

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Inferenza non valida quando le osservazioni non sono indipendenti

Ho imparato dalle statistiche elementari che, con un modello lineare generale, affinché le inferenze siano valide, le osservazioni devono essere indipendenti. Quando si verifica il clustering, l'indipendenza potrebbe non essere più ritenuta determinante un'inferenza non valida a meno che ciò non sia giustificato. Un modo per tenere conto di tale …

13 r mixed-model inference independence

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Predizione su modelli di effetti misti: cosa fare con gli effetti casuali?

Consideriamo questo ipotetico set di dati: set.seed(12345) num.subjects <- 10 dose <- rep(c(1,10,50,100), num.subjects) subject <- rep(1:num.subjects, each=4) group <- rep(1:2, each=num.subjects/2*4) response <- dose*dose/10 * group + rnorm(length(dose), 50, 30) df <- data.frame(dose=dose, response=response, subject=subject, group=group) possiamo usare lmeper modellare la risposta con un modello di effetto casuale: require(nlme) …

13 mixed-model linear-model prediction

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Coefficienti di correlazione intraclasse (ICC) con variabili multiple

Supponiamo che io abbia misurato una variabile nei fratelli, che sono nidificati all'interno delle famiglie. La struttura dei dati è simile alla seguente: valore di pari livello familiare ------ ------- ----- 1 1 y_11 1 2 y_12 2 1 y_21 2 2 y_22 2 3 y_23 ... ... ... Voglio …

13 mixed-model intraclass-correlation

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Qual è la differenza tra l'utilizzo di aov () e lme () nell'analisi di un set di dati longitudinale?

Qualcuno può dirmi la differenza tra l'utilizzo aov()e l' lme()analisi dei dati longitudinali e come interpretare i risultati di questi due metodi? Qui di seguito, analizzo lo stesso insieme di dati utilizzando aov()ed lme()e ottenuto 2 risultati diversi. Con aov(), ho ottenuto un risultato significativo nel tempo dall'interazione del trattamento, …

13 r mixed-model repeated-measures panel-data

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Modelli di effetti misti lineari

Ho comunemente sentito che i modelli LME sono più solidi nell'analisi dei dati di accuratezza (cioè, negli esperimenti di psicologia), in quanto possono lavorare con binomiali e altre distribuzioni non normali che gli approcci tradizionali (ad es. ANOVA) non possono. Quali sono le basi matematiche dei modelli LME che consentono …

13 mixed-model

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Calcolo di

Ho letto sul calcolo dei valori di in modelli misti e dopo aver letto le FAQ di R-sig, altri post su questo forum (ne collegherei alcuni ma non ho abbastanza reputazione) e molti altri riferimenti che capisco che usando valori di nel contesto di modelli misti sono complicati.R 2R2R2R^2R2R2R^2 Tuttavia, …

13 r mixed-model r-squared lme4-nlme

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Traccia per illustrare i risultati del modello lineare ad effetto misto

Ho analizzato alcuni dati utilizzando la modellazione lineare a effetti misti in R. Sto progettando di creare un poster con i risultati e mi chiedevo solo se qualcuno con esperienza con i modelli a effetti misti potesse suggerire quali trame usare per illustrare i risultati del modello. Stavo pensando a …

13 r data-visualization mixed-model

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Intervalli di confidenza sulle previsioni per un modello misto non lineare (nlme)

Vorrei ottenere intervalli di confidenza al 95% sulle previsioni di un nlmemodello misto non lineare . Dato che non viene fornito nulla di standard per farlo all'interno di questo nlme, mi chiedevo se fosse corretto utilizzare il metodo degli "intervalli di previsione della popolazione", come indicato nel capitolo del libro …

12 r mixed-model confidence-interval lme4-nlme

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ICC come correlazione attesa tra due unità disegnate casualmente che si trovano nello stesso gruppo

Nella modellazione multilivello la correlazione intraclasse viene spesso calcolata da un ANOVA ad effetti casuali yio j= γ00+ uj+ eio jyioj=γ00+uj+eioj y_{ij} = \gamma_{00} + u_j + e_{ij} dove sono i residui di livello 2 ed sono i residui di livello 1. Quindi otteniamo stime, e per la varianza di …

12 correlation mixed-model intraclass-correlation

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L'ottimizzatore lme4 predefinito richiede molte iterazioni per dati ad alta dimensione

TL; DR: l' lme4ottimizzazione sembra essere lineare nel numero di parametri del modello per impostazione predefinita ed è molto più lenta di un glmmodello equivalente con variabili fittizie per gruppi. C'è qualcosa che posso fare per accelerarlo? Sto cercando di adattare un modello logit gerarchico abbastanza grande (~ 50k righe, …

12 r mixed-model optimization lme4-nlme numerics

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Un potenziale disordine nel disegno di un esperimento

Panoramica della domanda Avvertenza: questa domanda richiede molte impostazioni. Per favore abbi pazienza. Un mio collega e io stiamo lavorando a un progetto di esperimento. Il progetto deve aggirare un gran numero di vincoli, che elencherò di seguito. Ho sviluppato un design che soddisfa i vincoli e che ci fornisce …

12 mixed-model experiment-design simulation confounding

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