Scienza computazionale python

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Creazione di un editor / visualizzatore molecolare: programmazione orientata agli oggetti, strutture di dati e molecole

Sono nuovo nella programmazione e sto cercando di risolvere il mio primo grosso problema e scrivere il mio primo grande programma. Ho cercato esempi open source di codice da cui imparare, ma finora ho trovato solo codice in lingue che non capisco completamente o che fa cose correlate ma ancora …

12 computational-chemistry python visualization

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risoluzione di ODE accoppiati con vincoli di valore iniziale e valore finale

L'essenza della mia domanda è la seguente: ho un sistema di due ODE. Uno ha un vincolo del valore iniziale e l'altro ha un vincolo del valore finale. Questo può essere pensato come un singolo sistema con un vincolo di valore iniziale su alcune variabili e un vincolo di valore …

12 python ode boundary-conditions

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Strutture di dati per codice di volume finito: Matrici vs Classi

Devo scrivere un codice di volume finito per la magnetoidrodinamica (MHD). Ho scritto un codice numerico prima ma non su questa scala. Volevo solo chiedere quale sarebbe stata una buona scelta, usando una struttura di dati (approccio orientato agli oggetti) con classi o semplicemente usando più array per proprietà diverse, …

11 python finite-volume data-structures

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Meshing dei dati di superficie 3D in Python

Ho un set di dati di punti tridimensionali per i quali mi piacerebbe costruire una mesh, usando Python. Tutto il software che ho visto richiede di fornire i bordi. Esiste un programma in Python che accetta come input una serie di punti in 3D e produce una mesh? Se possibile, …

11 python mesh-generation

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Equazione di Poisson: impone il gradiente completo come condizione al contorno tramite i moltiplicatori di Lagrange

Ho un problema fisico governato dall'equazione di Poisson in due dimensioni Ho misurazioni dei due componenti del gradiente e lungo una parte del confine, , quindi vorrei imporre e si propagano nel campo lontano.∂ u / ∂ x ∂ u / ∂ y Γ m ∂ u- ∇2u = f( …

11 finite-element python fenics

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CVXOPT VS. OpenOpt

CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Benvenuto Qual è la relazione tra loro? Quali sono i vantaggi / gli svantaggi di questi, rispettivamente? A proposito, c'è qualche altra libreria di ottimizzazione convessa di alta qualità per Python / C ++ degna di nota?

11 python convex-optimization

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Guide su Python per la programmazione parallela a memoria condivisa

Ho esperienza nella codifica di OpenMP per macchine a memoria condivisa (sia in C che FORTRAN) per svolgere compiti semplici come l'aggiunta di matrici, la moltiplicazione ecc. (Solo per vedere come compete con LAPACK). Conosco OpenMP abbastanza per svolgere compiti semplici senza la necessità di consultare la documentazione. Di recente, …

11 parallel-computing python

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Algoritmi per il rilevamento della comunità per i grafici bipartiti?

Esistono algoritmi per il rilevamento di comunità per grafici bipartiti (reti a 2 modalità) implementati in igraph, networkX, R o Python ecc.? In particolare, esiste una tale implementazione in cui si sarebbe in grado di limitare il rilevamento delle comunità solo in una delle due modalità?

11 python graph-theory

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Efficienza nell'uso di petsc4py rispetto a c / c ++ / fortran

Quanto è più lento petsc4py vs c / c ++ / fortran? Mi rendo conto che dipenderà in modo significativo dal codice in esecuzione, ma che dire di qualcosa di semplice come un prodotto a matrice vettoriale?

11 petsc python

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Quali sono i migliori pacchetti / interfacce Python per i solutori diretti sparsi?

Elenca il pacchetto Python (petsc4py, ecc ...) e i solutori diretti sparsi che supporta. Una risposta (community-wiki) per pacchetto, per favore.

11 python linear-solver sparse-matrix

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Runge-Kutta e Riutilizzo dei Datapoints

Sto cercando di implementare il metodo Runge-Kutta del quarto ordine per risolvere un ODE del primo ordine in Python, ovvero . Capisco come funziona il metodo, ma sto cercando di scrivere un algoritmo efficiente che riduca al minimo il numero di volte in cui viene calcolato quanto è piuttosto costoso. …

11 ode python explicit-methods

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Limitazioni di Panda e sue alternative in Python

L'ho letto da qualche parte Pandas è stato inizialmente sviluppato per il mondo finanziario, almeno non specialmente per le scienze naturali (fisica, biologia e così via), quindi esiste un pacchetto Python di analisi dei dati simile più "orientato alle scienze naturali"? Ho appena iniziato a usare Pandas e ho già …

11 python data-analysis data-management

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Autovettori di una piccola regolazione della norma

Ho un set di dati che sta lentamente cambiando e devo tenere traccia degli autovettori / autovalori della sua matrice di covarianza. Ho usato scipy.linalg.eigh, ma è troppo costoso e non usa il fatto che ho già una decomposizione che è solo leggermente errata. Qualcuno può suggerire un approccio migliore …

10 linear-algebra optimization python eigenvalues

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Test dell'integratore simplettico del 3 ° ordine contro 4 ° ordine con risultato strano

Nella mia risposta a una domanda sull'MSE riguardante una simulazione di fisica hamiltoniana 2D, ho suggerito di utilizzare un integratore simplettico di ordine superiore . Quindi ho pensato che sarebbe stata una buona idea dimostrare gli effetti di diversi passaggi temporali sull'accuratezza globale dei metodi con ordini diversi, e ho …

10 python time-integration

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Implementazione efficiente della memoria delle decomposizioni parziali del valore singolare (SVD)

Per la riduzione del modello, voglio calcolare i vettori singolari di sinistra associati ai - diciamo 20 - valori singolari più grandi di una matrice , dove N ≈ 10 6 e k ≈ 10 3 . Sfortunatamente, la mia matrice A sarà densa senza alcuna struttura.A ∈ RN, kUN∈RN,KA …

10 linear-algebra python reference-request numpy svd

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