Scienza computazionale parallel-computing

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Quanto è maturo il progetto linguistico di calcolo scientifico "Julia"?

Sto pensando di imparare un nuovo linguaggio da utilizzare per i progetti di modellazione numerica / di simulazione, in sostituzione (parziale) di C ++ e Python che attualmente uso. Mi sono imbattuto in Julia , che suona un po 'perfetto. Se fa tutto ciò che afferma, potrei usarlo per sostituire …

55 parallel-computing languages julia

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Qual è lo stato dell'arte nei metodi ODE paralleli?

Attualmente sto esaminando metodi paralleli per l'integrazione ODE. C'è molta letteratura nuova e vecchia là fuori che descrive una vasta gamma di approcci, ma non ho trovato sondaggi recenti o articoli di panoramica che descrivono l'argomento in generale. C'è il libro di Burrage [1], ma ha quasi 20 anni e …

39 parallel-computing ode numerical-analysis

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Librerie matematiche per OpenCL?

Sto cercando informazioni da chiunque abbia tentato di utilizzare OpenCL nel proprio codice scientifico. Qualcuno ha provato (recentemente) ViennaCL ? In tal caso, come si confronta con la cuspide ? Che dire di OCLTools ? È all'altezza della promessa? In tal caso, sarebbe un modo fattibile per iniziare a scrivere …

35 parallel-computing libraries programming-paradigms viennacl opencl

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Parallelizzare un for-loop in Python

Ci sono strumenti in Python che sono simili al parfor di Matlab? Ho trovato questa discussione , ma ha quattro anni. Pensavo che qualcuno qui potesse avere un'esperienza più recente. Ecco un esempio del tipo di cosa che vorrei parallelizzare: X = np.random.normal(size=(10, 3)) F = np.zeros((10, )) for i …

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Esistono problemi / algoritmi famosi nell'informatica scientifica che non possono essere accelerati dalla parallelizzazione

Questa domanda è stata migrata da StackTranslate.it perché è possibile rispondere a Scambio stack di scienza computazionale. Migrato 7 anni fa . Esistono problemi / algoritmi famosi nel calcolo scientifico che non possono essere accelerati dalla parallelizzazione? Mi sembra che leggendo libri su CUDA che la maggior parte delle cose …

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Come si può risolvere il problema gravitazionale di n-body in parallelo?

Come si può risolvere numericamente in parallelo il problema dell'n-body gravitazionale? È possibile un compromesso tra precisione e complessità? In che modo la precisione influenza la qualità del modello?

25 algorithms ode parallel-computing complexity precision

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Quale software è buono da usare per il debug parallelo?

Non sto eseguendo alcun codice parallelo in questo momento, ma prevedo di eseguire codice parallelo in futuro usando un ibrido di OpenMP e MPI. I debugger sono stati strumenti preziosi per me durante l'esecuzione di progetti seriali. Qualcuno può consigliare un debugger parallelo (o più debugger) da utilizzare per il …

24 software parallel-computing

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Opzioni I / O parallele, in particolare HDF5 parallelo

Ho un'applicazione che può essere banalmente parallelizzata ma le sue prestazioni sono in larga misura legate all'I / O. L'applicazione legge un singolo array di input archiviato in un file di dimensioni normalmente comprese tra 2 e 5 GB (ma mi aspetto che questo numero cresca in futuro). Un calcolo …

20 io parallel-computing mpi

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Esiste una libreria per scopi generici per il perfezionamento della mesh adattativa a griglia strutturata?

Vuoi migliorare questo post? Fornisci risposte dettagliate a questa domanda, comprese le citazioni e una spiegazione del perché la tua risposta è corretta. Le risposte senza dettagli sufficienti possono essere modificate o eliminate. Il raffinamento di maglie adattative (AMR) è una tecnica comune per affrontare il problema delle scale spaziali …

18 pde libraries parallel-computing adaptive-mesh-refinement

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Diagrammi di ridimensionamento / efficienza paralleli log-log

Gran parte del mio lavoro ruota attorno al miglioramento della scalabilità degli algoritmi e uno dei modi preferiti per mostrare il ridimensionamento parallelo e / o l'efficienza parallela è quello di tracciare le prestazioni di un algoritmo / codice sul numero di core, ad es. dove l' asse rappresenta il …

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Come affrontare la non associatività numerica per la riduzione parallela?

Una riduzione parallela presuppone che l'operazione corrispondente sia associativa. Questa ipotesi viene violata per l'aggiunta di numeri in virgola mobile. Potresti chiederti perché ci tengo a questo. Bene, rende i risultati meno riproducibili. E peggiora quando si utilizza la ricottura simulata per ottimizzare (o adattare i parametri) su subroutine producendo …

17 parallel-computing reproducibility

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Esiste un risolutore di CFD open source buono, facile da usare e di alta qualità?

La mia tesi è sullo sviluppo di metodi numerici per la riduzione del modello di combustione. Eseguo i miei metodi esclusivamente sulla parte chimica delle simulazioni di combustione e ho molti case study per simulazioni 0-D (nessun flusso). Quello che vorrei è eseguire simulazioni che hanno un flusso in esse, …

17 pde fluid-dynamics software parallel-computing

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Algoritmi di ottimizzazione parallela per un problema con funzione obiettivo molto costosa

Sto ottimizzando una funzione di 10-20 variabili. La cattiva notizia è che ogni valutazione delle funzioni è costosa, circa 30 minuti di calcolo seriale. La buona notizia è che ho un cluster con poche decine di nodi computazionali a mia disposizione. Quindi la domanda: ci sono algoritmi di ottimizzazione disponibili …

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Quali sono i vantaggi e gli svantaggi degli algoritmi di parallelizzazione di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio?

Sto eseguendo simulazioni di dinamica molecolare (MD) utilizzando diversi pacchetti software, come Gromacs e DL_POLY. Gromacs ora supporta gli algoritmi di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio. Per impostazione predefinita, le simulazioni Gromacs utilizzano la decomposizione del dominio, sebbene per molti anni, fino a poco tempo fa, la …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Perché il mio ridimensionamento della moltiplicazione Matrix-Vector?

Ci scusiamo per il lungo post, ma volevo includere tutto ciò che pensavo fosse rilevante al primo tentativo. Quello che voglio Sto implementando una versione parallela dei metodi di sottospazio di Krylov per le matrici dense. Principalmente GMRES, QMR e CG. Mi sono reso conto (dopo la profilazione) che la …

15 parallel-computing matrix lapack blas

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