Scienza computazionale parallel-computing

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Come eseguire MPI-3.0 in modalità di memoria condivisa come OpenMP

Sto parallelizzando il codice per risolvere numericamente un modello di bilancio demografico a 5 dimensioni. Attualmente ho un ottimo codice parallelizzato MPICH2 in FORTRAN ma quando aumentiamo i valori dei parametri gli array diventano troppo grandi per essere eseguiti in modalità di memoria distribuita. Ho accesso a un cluster con …

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Esempi di calcoli PDE che utilizzano il parallelismo sia nello spazio che nel tempo

Nella soluzione numerica del PDE iniziale al valore limite, è molto comune impiegare il parallelismo nello spazio . È molto meno comune impiegare una qualche forma di parallelismo nella discretizzazione temporale e che il parallelismo è di solito molto più limitato. Sono a conoscenza di un numero crescente di codici …

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Qualche consiglio per framework di unit test compatibili con codice / librerie che usano MPI?

Di solito, scrivo codice seriale e, quando lo faccio, scrivo unit test con alcuni framework di test in stile xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose o il framework di test C ++ di Google). Sulla base di una rapida ricerca su Google, non ho visto molto su come il codice …

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Algoritmi paralleli (GPU) per automi cellulari asincroni

Ho una collezione di modelli computazionali che potrebbero essere descritti come automi cellulari asincroni. Questi modelli assomigliano al modello Ising, ma sono leggermente più complicati. Sembra che tali modelli trarrebbero beneficio dall'esecuzione su una GPU anziché su una CPU. Sfortunatamente non è abbastanza semplice parallelizzare un modello del genere, e …

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Le migliori metodologie per la gestione di una mesh nel calcolo di elementi finiti paralleli?

Attualmente sto sviluppando un metodo di decomposizione del dominio per la soluzione del problema di scattering. Fondamentalmente sto risolvendo un sistema di Helmholtz BVP in modo iterativo. Discretizzo le equazioni usando il metodo degli elementi finiti su maglie triangolari o tetraedriche. Sto sviluppando il codice per la mia tesi di …

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Sto cercando una libreria di grafici dinamici paralleli in C ++

Ciao comunità scicomp, Ho lavorato nell'area degli algoritmi grafici usando framework come NetworkX (Python), JUNG e YFiles (Java). Ora sto entrando nell'area dell'informatica parallela e ad alte prestazioni. Per un nuovo progetto, sto cercando una libreria di grafici C ++ con le seguenti funzionalità: ha un'interfaccia intuitiva che consente lo …

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Guide su Python per la programmazione parallela a memoria condivisa

Ho esperienza nella codifica di OpenMP per macchine a memoria condivisa (sia in C che FORTRAN) per svolgere compiti semplici come l'aggiunta di matrici, la moltiplicazione ecc. (Solo per vedere come compete con LAPACK). Conosco OpenMP abbastanza per svolgere compiti semplici senza la necessità di consultare la documentazione. Di recente, …

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Come si può parallelizzare un metodo multigrid per risolvere un sistema lineare di equazioni?

A quanto ho capito, il metodo multigrid risolve un sistema lineare risolvendo una versione più grossolana dello stesso problema (eliminando l'errore di bassa frequenza) e quindi proiettando di nuovo sulla griglia fine per appianare gli errori di alta frequenza. Per i sistemi di grandi dimensioni, posso vedere come un metodo …

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È preferibile concentrarsi sullo studio della matematica o del calcolo?

In concomitanza con la mia ricerca sui metodi dello spazio sotterraneo di Krylov, ho la possibilità di esplorare la matematica dietro HPC un passo avanti o la teoria del calcolo (hardware, sistema operativo, compilatori ecc.). Attualmente, so che sia abbastanza per appena tirare avanti. Ad esempio, so come derivare le …

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Quali sono le differenze tra Parareal, PITA e PFASST?

Gli algoritmi Parareal, PITA e PFASST sono tutte tecniche trasversali al dominio per parallelizzare la soluzione di problemi dipendenti dal tempo nel tempo. Quali sono i principi guida alla base di questi metodi? Quali sono le principali differenze tra loro? Posso dire che uno si basa su un altro? Come? …

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cuda e metodi numerici con discretizzazione temporale implicita

Sto cercando di portare un po 'di codice che risolve un insieme di equazioni differenziali parziali (PDE) con il metodo del volume finito in forma IMPLICIT (per la discretizzazione del tempo). Di conseguenza esiste un sistema tridiagonale di equazioni nelle direzioni x, y, z che è gestito dallo schema ADI …

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La migliore scelta di solutore per un sistema simmetrico (ma non definito positivo) di grandi dimensioni

Attualmente sto lavorando alla risoluzione di sistemi simmetrici molto grandi (ma non definiti positivi), generati da alcuni algoritmi. Queste matrici hanno una bella scarsità di blocchi che può essere utilizzata per la risoluzione parallela. Ma non posso decidere se dovrei usare un approccio diretto (come Multi-frontale) o iterativo (GMRES o …

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Librerie parallele a memoria condivisa basate su attività nel calcolo scientifico

Negli ultimi anni sono apparsi numerosi progetti di biblioteche / software che offrono in qualche modo un parallelismo della memoria condivisa basato sui dati per scopi generici. L'idea principale è che invece di scrivere un codice esplicitamente thread, i programmatori implementano i loro algoritmi come attività interdipendenti che vengono quindi …

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Spinta per la programmazione GPU

Sono molto nuovo nella programmazione GPGPU, quindi ti prego di perdonarmi se la domanda non è particolarmente appropriata. Da quello che ho capito la programmazione GPU è un lavoro di ingegneria molto complicato rispetto alla normale programmazione della CPU. Bisogna stare molto attenti a problemi di divergenza, piastrellatura, allocazione di …

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Diagonalizzazione di matrici malate dense

Sto cercando di diagonalizzare alcune matrici dense e mal condizionate. Nella precisione della macchina, i risultati non sono accurati (restituendo autovalori negativi, gli autovettori non hanno le simmetrie previste). Sono passato alla funzione Eigensystem [] di Mathematica per sfruttare la precisione arbitraria, ma i calcoli sono estremamente lenti. Sono aperto …

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