Scienza computazionale visualization

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Quale software e flusso di lavoro è raccomandato per la pubblicazione di dati e grafici scientifici?

Quale software offre un buon flusso di lavoro dalla semplice stampa di alcuni punti dati fino alla creazione di grafica a livello di pubblicazione con stili dettagliati, composizione matematica e "qualità professionale"? Questo è un po 'correlato alla domanda di David ( quali attributi rendono una figura di qualità professionale? …

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Quali attributi rendono una figura di "qualità professionale"?

Ho sentito la gente dire che le trame prodotte da ORIGIN tendono ad apparire raffinate e "professionali", mentre le trame prodotte da Mathematica non lo fanno. Tuttavia, la maggior parte dei programmi per la creazione di grafici è abbastanza configurabile ed è ovvio che con le giuste impostazioni per cose …

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Visualizzazione di grafici di collegamento molto grandi

Sto cercando uno strumento per visualizzare grafici di collegamenti direzionali molto grandi. Al momento ho ~ 2 milioni di nodi con ~ 10 milioni di bordi. Ho provato alcune cose diverse, ma la maggior parte impiega ore a fare anche grafici di nodi da 100k Cosa ho provato: ho trascorso …

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Algoritmi per la stampa di funzioni (adattive?)

Sto cercando algoritmi per disegnare grafici 2D standard per funzioni che possono o meno avere singolarità. Lo scopo è scrivere un "Mini-CAS", quindi non ho una conoscenza a priori dei tipi di funzioni, gli utenti vogliono rappresentare graficamente. Questo problema è molto vecchio, quindi immagino che ci debbano essere alcuni …

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Dimensione del file binario vs. ASCII

Ho bisogno di scrivere alcuni dati da un calcolo, che verranno letti in seguito da Paraview (file .vtu o vtk). Per quanto riguarda le dimensioni del file, devo scegliere il formato ASCII o Binary?

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Distanza euclidea in Ottava

Vorrei sapere se esiste un modo rapido per calcolare la distanza euclidea di due vettori in Ottava. Sembra che non ci sia una funzione speciale per questo, quindi dovrei semplicemente usare la formula con sqrt?

16 octave discretization nonlinear-equations newton-method visualization fluid-dynamics mesh-generation finite-element finite-volume optimization algorithms approximation fluid-dynamics navier-stokes comsol modeling optimization sparse-matrix matrix condition-number visualization matlab quadrature blas intel-mkl finite-element gpu discontinuous-galerkin mathematica optimization convex-optimization algorithms reference-request matlab statistics finite-element numerical-analysis petsc molecular-dynamics machine-learning statistics visualization open-source statistics image-processing visualization python petsc finite-element fluid-dynamics stability navier-stokes incompressible

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Visualizzazione dei dati discontinui di Galerkin / elementi finiti

Vorrei visualizzare i risultati della simulazione, ottenuti usando l'approccio discontinuo di Galerkin (DG), all'interno di ParaView. Analogamente ai metodi a volume finito, il dominio problematico è diviso in celle a forma di cubo ("elementi"). A differenza dei metodi a volume finito, all'interno di ogni cella non esiste un solo valore …

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Come calcolo la differenza numerica tra due campi memorizzati in due diversi file VTK con la stessa struttura?

Supponiamo che io abbia due file VTK, entrambi in formato griglia strutturato. Le griglie strutturate sono le stesse (hanno lo stesso elenco di punti, nello stesso ordine) e c'è un campo, chiamalo "Phi", in ogni file VTK. Voglio creare un terzo file VTK, sempre con la stessa griglia strutturata, e …

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Come si può descrivere matematicamente il tipo di rappresentazione "proteica" delle proteine?

Le proteine sono in genere rappresentate in forma di cartone animato, con fogli β come frecce e eliche α come bobine: Mi chiedo, c'è da qualche parte un riferimento che descrive la costruzione di questa rappresentazione? Cioè, quali oggetti matematici vengono utilizzati per costruire questi grafici e su quali atomi …

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Creazione di un editor / visualizzatore molecolare: programmazione orientata agli oggetti, strutture di dati e molecole

Sono nuovo nella programmazione e sto cercando di risolvere il mio primo grosso problema e scrivere il mio primo grande programma. Ho cercato esempi open source di codice da cui imparare, ma finora ho trovato solo codice in lingue che non capisco completamente o che fa cose correlate ma ancora …

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Visualizzazione di griglie quadrate e ottiche

Le cosiddette quadtree e octree griglie sono abbastanza attraenti per le applicazioni che richiedono adaptive mesh refinement. Sono ad esempio utilizzati in Gerris e Paramesh . Qualcuno è a conoscenza di un buon formato di file per tali griglie e supporta il software di visualizzazione? Vedi anche questa risposta nelle …

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Modi per visualizzare i dati degli eventi in cerca di problemi di prestazioni

Sto cercando di ottimizzare un'applicazione MPI con un modello di comunicazione altamente asincrono. Ogni rango ha un elenco di cose da calcolare e invia messaggi, se necessario, se gli input o gli output si trovano su un rango diverso. Inoltre, ogni rango è infilato (attualmente con un thread di comunicazione …

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Software di visualizzazione del campo tensore del secondo ordine

È disponibile una panoramica sul software di visualizzazione tensore? La mia preferenza personale è: Un software gratuito, ben documentato e che offre tecniche di visualizzazione per diversi campi tensoriali fisici del secondo ordine (o di ordine superiore). Alcuni moduli a cui sarei interessato Iperstreamline ( metodo di integrazione autovettore ) …

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Dati i valori su una mesh, quale algoritmo posso usare per costruire livelli di set di livelli in modo efficiente?

Ho una mesh, facce , bordi e vertici e ho un elenco di contorni di livelli predefiniti.FFFEEEVVV Quale algoritmo posso usare per costruire i contorni nel modo più efficiente? Un diagramma del contorno è mostrato sopra. Le linee con lo stesso colore hanno lo stesso valore .zzz

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