Scienza computazionale computational-chemistry

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Buoni esempi di "due è facile, tre è difficile" nelle scienze computazionali

Di recente ho incontrato una formulazione del meta-fenomeno : " due è facile, tre è difficile " (così definito da Federico Poloni), che può essere descritto come segue: Quando viene formulato un determinato problema per due entità, è relativamente facile da risolvere; tuttavia, un algoritmo per una formulazione di tre …

29 linear-algebra computational-physics computational-geometry computational-chemistry

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Come si determina il gruppo di punti di una molecola?

Sei riuscito a scoprire finalmente come gli atomi sono disposti spazialmente sulla tua entità molecolare appena scoperta. Attraverso, diciamo, mezzi spettroscopici, ora sei in possesso di un gruppo di coordinate atomiche, tipi di atomi, lunghezze di legame, tipi di legame e quant'altro per la tua molecola. Ora sei interessato a …

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La scienza computazionale implica la programmazione?

Ho letto della scienza computazionale su Wikipedia, ma la mia comprensione non è molto chiara. La scienza computazionale implica la programmazione? Quanto è diversa la scienza computazionale dalla computazionale _ ____ , dove il vuoto potrebbe essere una qualsiasi disciplina (scienza dei materiali, ingegneria, chimica, biologia e così via)? (Farò …

16 computational-chemistry education

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Come viene implementato B3LYP in Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro, ... ecc?

In particolare, voglio estendere il lavoro su B3LYP iniziato con Gaussian 03 ma continuato con GAMESS-US. Le energie fornite dai metodi B3LYP predefiniti non sono le stesse. C'è una discussione al riguardo nel manuale GAMESS-US (sezione Ulteriori informazioni): Si noti che B3LYP in GAMESS si basa in parte sulla funzione …

15 computational-chemistry density-functional-theory

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Cos'è la correzione del contrappeso?

Che cos'è esattamente la correzione del contrappeso? Puoi spiegare quando è necessario e perché?

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Hartree-Fock è sempre una buona approssimazione per geometrie molecolari e nessuna rottura del legame?

Ci sono casi in cui Hartree-Fock non è una buona approssimazione per calcolare la geometria di equilibrio quando la molecola si trova in una condizione che non rompe i legami?

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Come si può descrivere matematicamente il tipo di rappresentazione "proteica" delle proteine?

Le proteine sono in genere rappresentate in forma di cartone animato, con fogli β come frecce e eliche α come bobine: Mi chiedo, c'è da qualche parte un riferimento che descrive la costruzione di questa rappresentazione? Cioè, quali oggetti matematici vengono utilizzati per costruire questi grafici e su quali atomi …

12 computational-chemistry visualization

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Creazione di un editor / visualizzatore molecolare: programmazione orientata agli oggetti, strutture di dati e molecole

Sono nuovo nella programmazione e sto cercando di risolvere il mio primo grosso problema e scrivere il mio primo grande programma. Ho cercato esempi open source di codice da cui imparare, ma finora ho trovato solo codice in lingue che non capisco completamente o che fa cose correlate ma ancora …

12 computational-chemistry python visualization

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Enumerazione dei grafici derivanti dalle tessellazioni Delaunay in 3D

Esiste un algoritmo che enumera i grafici che corrispondono ad alcune tessellazioni di punti Delaunay in 3D? In tal caso, esiste un'efficace parametrizzazione delle geometrie che corrispondono a qualsiasi "grafico di Delaunay"? Sto cercando di elencare sistematicamente tutte le geometrie stabili delle molecole di una composizione specificata senza alcuna conoscenza …

12 algorithms computational-chemistry delaunay-triangulation

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buon software (gratuito) per produrre immagini pubblicabili?

Sto producendo immagini 1d e 2d usando Matlab in questo momento per il confronto della precisione con un determinato modello. Devo confrontare i miei metodi con il modello standard .wfn gaussiano e lo farò analizzando la densità di una molecola e il laplaciano. Sono interessato a produrre immagini 2D di …

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Quali strumenti open source sono disponibili per visualizzare le vibrazioni molecolari?

Vorrei visualizzare una vibrazione molecolare che non è una modalità normale. Vorrei presentare una rappresentazione statica e vettoriale del movimento e vorrei una certa flessibilità nello stile del vettore (dimensioni, colore, ecc.). Sono anche interessato a produrre un video della vibrazione. Quali sono alcune buone risorse per visualizzare le vibrazioni …

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Perché la risoluzione iterativa delle equazioni di Hartree-Fock porta alla convergenza?

Nel metodo di campo autoconsistente di Hartree-Fock per risolvere l'equazione elettronica di Schroedinger indipendente dal tempo, cerchiamo di minimizzare l'energia dello stato fondamentale, , di un sistema di elettroni in un campo esterno rispetto alla scelta degli orbitali di spin, { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Facciamo questo risolvendo iterativamente i …

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Cosa significa che una base impostata è "correlazione coerente"?

Si dice che alcuni insiemi di basi siano "coerenti con la correlazione". Cosa significa in pratica?

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