Statistiche e Big Data r

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Riduzione della dimensionalità (SVD o PCA) su una matrice ampia e sparsa

/ modifica: ulteriori follow-up ora è possibile utilizzare irlba :: prcomp_irlba / modifica: follow-up sul mio post. irlbaora ha argomenti "center" e "scale", che ti permettono di usarlo per calcolare i componenti principali, ad esempio: pc <- M %*% irlba(M, nv=5, nu=0, center=colMeans(M), right_only=TRUE)$v Ho una vasta gamma Matrixdi funzioni …

31 r pca dimensionality-reduction svd matrix-decomposition

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Come tracciare il confine decisionale di un classificatore k vicino più vicino da Elements of Statistical Learning?

Voglio generare la trama descritta nel libro ElemStatLearn "Gli elementi dell'apprendimento statistico: data mining, inferenza e previsione. Seconda edizione" di Trevor Hastie, Robert Tibshirani e Jerome Friedman. La trama è: Mi chiedo come posso produrre questo grafico esatto R, in particolare notare la griglia grafica e il calcolo per mostrare …

31 r data-visualization k-nearest-neighbour

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Visualizzando un milione, edizione PCA

È possibile visualizzare l'output dell'analisi dei componenti principali in modo da fornire maggiori informazioni oltre alle semplici tabelle di riepilogo? È possibile farlo quando il numero di osservazioni è grande, diciamo ~ 1e4? Ed è possibile farlo in R [benvenuto in altri ambienti]?

31 r data-visualization pca biplot

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Come aumentare la riproducibilità a lungo termine della ricerca (in particolare utilizzando R e Sweave)

Contesto: in risposta a una domanda precedente sulla ricerca riproducibile, ha scritto Jake Un problema che abbiamo scoperto durante la creazione del nostro archivio JASA è stato il cambiamento delle versioni e dei valori predefiniti dei pacchetti CRAN. Quindi, in quell'archivio, includiamo anche le versioni dei pacchetti che abbiamo usato. …

31 r reproducible-research project-management

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Per quali distribuzioni differiscono le parametrizzazioni in BUGS e R?

Ho trovato alcune distribuzioni per le quali BUGS e R hanno parametrizzazioni diverse: normale, log-normale e Weibull. Per ognuno di questi, ho capito che il secondo parametro utilizzato da R deve essere trasformato inverso (1 / parametro) prima di essere utilizzato in BUGS (o JAGS nel mio caso). Qualcuno sa …

31 r distributions bugs jags parameterization

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Confronti multipli su un modello di effetti misti

Sto cercando di analizzare alcuni dati usando un modello a effetti misti. I dati che ho raccolto rappresentano il peso di alcuni giovani animali di diverso genotipo nel tempo. Sto usando l'approccio proposto qui: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ In particolare sto usando la soluzione n. 2 Quindi ho qualcosa del genere require(nlme) model …

31 r anova mixed-model multiple-comparisons repeated-measures

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Importanza relativa di una serie di predittori in una classificazione casuale delle foreste in R

Vorrei determinare l'importanza relativa degli insiemi di variabili verso un randomForestmodello di classificazione in R. La importancefunzione fornisce la MeanDecreaseGinimetrica per ogni singolo predittore - è semplice come sommare questo attraverso ciascun predittore in un insieme? Per esempio: # Assumes df has variables a1, a2, b1, b2, and outcome rf …

31 r machine-learning classification random-forest

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È possibile calcolare AIC e BIC per i modelli di regressione del lazo?

È possibile calcolare i valori AIC o BIC per i modelli di regressione del lazo e altri modelli regolarizzati in cui i parametri entrano solo parzialmente nell'equazione. Come si determinano i gradi di libertà? Sto usando R per adattare i modelli di regressione del lazo con la glmnet()funzione del glmnetpacchetto …

31 r model-selection lasso aic bic

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Il grafico a linee ha troppe linee, esiste una soluzione migliore?

Sto cercando di rappresentare graficamente il numero di azioni degli utenti (in questo caso "Mi piace") nel tempo. Quindi ho "Numero di azioni" come il mio asse y, il mio asse x è il tempo (settimane) e ogni riga rappresenta un utente. Il mio problema è che voglio esaminare questi …

31 r data-visualization

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Metodi statistici per tracciare i dati in modo più efficiente quando sono presenti milioni di punti?

Trovo che R possa richiedere molto tempo per generare grafici quando sono presenti milioni di punti, il che non sorprende dato che i punti vengono tracciati singolarmente. Inoltre, tali trame sono spesso troppo ingombra e densi per essere utili. Molti dei punti si sovrappongono e formano una massa nera e …

31 r data-visualization

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Cos'è la distribuzione quasi binomiale (nel contesto di GLM)?

Spero che qualcuno possa fornire una panoramica intuitiva di cosa sia la distribuzione quasibinomiale e di cosa faccia. Sono particolarmente interessato a questi punti: In che modo il quasibinomiale differisce dalla distribuzione binomiale. Quando la variabile di risposta è una proporzione (i valori di esempio includono 0,23, 0,11, 0,78, 0,98), …

30 r generalized-linear-model binomial overdispersion quasi-likelihood

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Cosa fa il comando anova () con un oggetto modello lmer?

Spero che questa sia una domanda a cui qualcuno qui può rispondere per me sulla natura della scomposizione di somme di quadrati da un modello a effetti misti adatto lmer(dal pacchetto lme4 R). Prima di tutto, dovrei dire che sono a conoscenza della controversia con l'utilizzo di questo approccio e …

30 r anova mixed-model lme4-nlme

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Confronto tra lme e lmer

Mi chiedevo se qualcuno potesse illuminarmi sulle attuali differenze tra queste due funzioni. Ho trovato la seguente domanda: Come scegliere la libreria nlme o lme4 R per i modelli di effetti misti? , ma risale a un paio d'anni fa. È una vita nei circoli del software. Le mie domande …

30 r mixed-model lme4-nlme

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Test per la distribuzione bimodale

Mi chiedo se esiste un test statistico per "testare" il significato di una distribuzione bimodale. Voglio dire, quanto i miei dati soddisfano o meno la distribuzione bimodale? In tal caso, c'è qualche test nel programma R?

30 r hypothesis-testing distributions bimodal

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Come eseguire la riduzione della dimensionalità con PCA in R

Ho un grande set di dati e voglio eseguire una riduzione di dimensionalità. Ora ovunque leggo che posso usare PCA per questo. Tuttavia, non riesco ancora a capire cosa fare dopo aver calcolato / eseguito il PCA. In R questo è facilmente eseguibile con il comando princomp. Ma cosa fare …

30 r pca

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