Scienza computazionale efficiency

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Esiste un solutore di programmazione non lineare di alta qualità per Python?

Ho diversi problemi di ottimizzazione globale non convessi da risolvere. Attualmente uso MATLAB's Optimization Toolbox (in particolare, fmincon()con algoritmo = 'sqp'), che è abbastanza efficace . Tuttavia, la maggior parte del mio codice è in Python e mi piacerebbe fare l'ottimizzazione anche in Python. Esiste un solutore NLP con attacchi …

77 python optimization nonlinear-programming linear-algebra linear-solver sparse-matrix ode automatic-differentiation efficiency matrix symbolic-computation pde multiphysics operator-splitting fluid-dynamics pde multigrid pde hyperbolic-pde quadrature precision numerical-analysis fluid-dynamics interpolation c ode testing data-sets pde fluid-dynamics hyperbolic-pde pde finite-element fluid-dynamics stability incompressible pde hyperbolic-pde fluid-dynamics pde precision floating-point convex-optimization conditioning pde hyperbolic-pde stability implicit-methods explicit-methods fluid-dynamics accuracy pde hyperbolic-pde petsc linear-algebra

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Qual è il costo computazionale di

Uno dei principali problemi che dobbiamo affrontare nelle simulazioni molecolari è il calcolo delle forze dipendenti dalla distanza. Se possiamo limitare le funzioni di forza e distanza per avere anche poteri della distanza di separazione , allora possiamo semplicemente calcolare il quadrato della distanza e non dovremo preoccuparci di . …

26 efficiency

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Quali sono i vantaggi e gli svantaggi degli algoritmi di parallelizzazione di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio?

Sto eseguendo simulazioni di dinamica molecolare (MD) utilizzando diversi pacchetti software, come Gromacs e DL_POLY. Gromacs ora supporta gli algoritmi di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio. Per impostazione predefinita, le simulazioni Gromacs utilizzano la decomposizione del dominio, sebbene per molti anni, fino a poco tempo fa, la …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Strategie di I / O per problemi computazionali con set di dati di grandi dimensioni?

Il mio gruppo di ricerca si concentra sulla dinamica molecolare, che ovviamente può generare gigabyte di dati come parte di un'unica traiettoria che deve quindi essere analizzata. Molti dei problemi di cui ci occupiamo riguardano correlazioni nel set di dati, il che significa che dobbiamo tenere traccia di grandi quantità …

15 python c efficiency

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Qual è il modo più efficiente per scrivere loop 'for' in Matlab?

Ho letto che se, ad esempio, ho un doppio forciclo che corre sopra gli indici di una matrice, quindi mettere la colonna che esegue l'indice nel ciclo esterno è più efficiente. Per esempio: a=zeros(1000); for j=1:1000 for i=1:1000 a(i,j)=1; end end Qual è il modo più efficiente per codificarlo se …

12 matlab efficiency

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Costi delle ricerche rispetto ai calcoli

Sono interessato a impostare i calcoli per verificare se un criterio di distanza è soddisfatto: vale a dire, la distanza tra un vettore e un altro vettore dovrebbe essere inferiore a un valore . I miei dati sono partizionati secondo una griglia di coordinate ortogonale. Poiché il mio taglio è …

12 efficiency

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Quando è conveniente la differenziazione automatica?

La differenziazione automatica ci consente di valutare numericamente la derivata di un programma su un determinato input. Esiste un teorema secondo cui questo calcolo può essere effettuato a un costo inferiore a cinque volte il costo per eseguire il programma originale. Questo fattore di cinque è un limite superiore. In …

12 automatic-differentiation efficiency

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C'è una complessità tra e [chiuso]

Chiuso. Questa domanda è fuori tema . Al momento non accetta risposte. Vuoi migliorare questa domanda? Aggiorna la domanda in modo che sia in argomento per lo scambio di stack di scienza computazionale. Chiuso 5 anni fa . Esiste un grado di complessità maggiore di e minore di ?O ( …

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Nvidia K20X vs GeForce Titan per accelerazione GPGPU

Sto cercando di capire la differenza tra queste due schede grafiche per il calcolo accademico, in particolare per il componente DGEMM. Se osserviamo le statistiche grezze, entrambe hanno lo stesso chip GK110, statistiche comparabili praticamente in ogni categoria e, credo, hanno la stessa architettura di base. Prima di qualsiasi sconto, …

10 performance gpu efficiency

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Implementazione rapida e accurata della doppia precisione della funzione gamma incompleta

Qual è il modo più avanzato di implementare funzioni speciali a doppia precisione? Ho bisogno del seguente integrale: perm=0,1,2,. . . et>0, che può essere scritto in termini della funzione gamma incompleta inferiore. Ecco la mia implementazione Fortran e C:Fm( t ) =∫10u2 me- tu2du =γ( m +12, t )2 …

10 efficiency accuracy special-functions

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