Scienza computazionale molecular-dynamics

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Le GPU attualmente disponibili supportano l'aritmetica in virgola mobile a doppia precisione?

Ho eseguito il codice GROMACS di dinamica molecolare (MD) su un cluster Ubuntu Linux costituito da nodi contenenti 24 CPU Intel Xeon. Il mio particolare punto di interesse risulta essere in qualche modo sensibile alla precisione aritmetica in virgola mobile, quindi ho dovuto eseguire GROMACS in doppia precisione anziché in …

17 hpc floating-point molecular-dynamics gpu

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Distanza euclidea in Ottava

Vorrei sapere se esiste un modo rapido per calcolare la distanza euclidea di due vettori in Ottava. Sembra che non ci sia una funzione speciale per questo, quindi dovrei semplicemente usare la formula con sqrt?

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Quali sono i vantaggi e gli svantaggi degli algoritmi di parallelizzazione di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio?

Sto eseguendo simulazioni di dinamica molecolare (MD) utilizzando diversi pacchetti software, come Gromacs e DL_POLY. Gromacs ora supporta gli algoritmi di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio. Per impostazione predefinita, le simulazioni Gromacs utilizzano la decomposizione del dominio, sebbene per molti anni, fino a poco tempo fa, la …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

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Complessità delle simulazioni MD

Sono nuovo alle simulazioni di dinamica molecolare (MD). Qual è la complessità di una simulazione di dinamica molecolare in termini di tempo di simulazione? In altre parole, se voglio aumentare il tempo simulato da 10 nanosecondi a 20 nanosecondi, cosa posso aspettarmi in termini di aumento del tempo di esecuzione?

14 molecular-dynamics complexity

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Perché l'integrazione con leapfrog è semplice e RK4 no, se quest'ultima è più accurata?

In un sistema in cui l'energia dovrebbe teoricamente essere conservata, la simulazione più accurata conserverà l'energia (oltre a fornire posizioni, velocità e così via precisi). RK4 è più preciso di leapfrog, ma leapfrog conserva energia e RK4 no. Perchè è questo?

13 computational-physics time-integration molecular-dynamics runge-kutta

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Modi per iniziare un ab initio MD dal classico MD

Sto eseguendo simulazioni di dinamica molecolare dell'acqua a scopo di test. La scatola è piuttosto piccola, se chiedi a un ragazzo con MD classico, e relativamente grande, se chiedi a un ragazzo DFT: ho 58 molecole d'acqua in condizioni al contorno periodiche. Per risparmiare tempo sulla CPU, sto ottimizzando la …

9 molecular-dynamics density-functional-theory

Domande taggate «molecular-dynamics»