Scienza computazionale

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Lo scaling variabile è essenziale per risolvere numericamente alcuni problemi di PDE?

Nella simulazione a semiconduttore, è comune che le equazioni siano ridimensionate in modo da avere valori normalizzati. Ad esempio, in casi estremi la densità dell'elettrone nei semiconduttori può variare di oltre 18 ordini di grandezza e il campo elettrico può cambiare formalmente, oltre 6 (o più) ordini di grandezza. Tuttavia, …

15 pde condition-number scaling

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Perché SciPy eigsh () produce autovalori errati in caso di oscillatore armonico?

Sto sviluppando un codice più grande per eseguire calcoli con autovalori di enormi matrici sparse, nel contesto della fisica computazionale. Metto alla prova le mie routine contro il semplice oscillatore armonico in una dimensione, poiché gli autovalori sono ben noti analiticamente. Facendo così e confrontando le mie routine con i …

15 python sparse-matrix numpy eigenvalues

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Fortran: il modo migliore per cronometrare le sezioni del codice?

A volte durante l'ottimizzazione del codice è necessario cronometrare alcune parti del codice, sto usando il seguente da anni ma mi chiedevo se esiste un modo più semplice / migliore per farlo? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call …

15 optimization fortran profiling

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Trasformare

Ho sentito aneddoticamente che quando si sta provando a fare numericamente un integrale del modulo ∫∞0f( x ) J0( x )d x∫0∞f(X)J0(X)dX\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x con liscio e ben educato (ad es. non esso stesso altamente oscillatorio, non singolare, ecc.), allora aiuterà l'accuratezza a riscriverlo comef( x )f(X)f(x) 1π∫π0∫∞0f( x ) …

15 quadrature special-functions

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Riduzione al minimo della somma della deviazione assoluta (

Ho un set di dati e voglio trovare il parametro modo tale da ridurre al minimo la somma questo èx1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k}mmm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization convex-optimization

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Cos'è la correzione del contrappeso?

Che cos'è esattamente la correzione del contrappeso? Puoi spiegare quando è necessario e perché?

15 computational-chemistry basis-set

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Alternative a hdf5

Uso HDF5 da anni, ma con l'aumentare delle dimensioni del set di dati sto iniziando a riscontrare gli stessi problemi elencati qui http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Puoi indicarmi un formato come HDF5 con - Buon supporto per le scritture parallele - Supporto per l'accesso in blocco di enormi matrici Il mio caso d'uso …

15 data-storage

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Opzioni per risolvere i sistemi ODE su GPU?

Vorrei coltivare i sistemi di risoluzione degli ODE su GPU, in un contesto "banalmente parallelizzabile". Ad esempio, facendo un'analisi di sensibilità con 512 diversi set di parametri. Idealmente, voglio fare la risoluzione ODE con un solutore di timestep adattivo intelligente come CVODE, piuttosto che un timestep fisso come Forward Euler, …

15 ode gpu

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Qualità dei generatori congruenziali lineari per numeri casuali

Sto facendo alcune simulazioni dell'equazione di Langevin, per varie forze esterne. Essendo detto che C è rand()da stdlib.hpuò introdurre pregiudizi nei miei risultati, sto usando un Mersenne Twister. Tuttavia, vorrei sapere (e vedere) esattamente quale tipo di errori un generatore congruenziale lineare può introdurre nella mia simulazione. Queste sono cose …

14 computational-physics

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Come eseguire MPI-3.0 in modalità di memoria condivisa come OpenMP

Sto parallelizzando il codice per risolvere numericamente un modello di bilancio demografico a 5 dimensioni. Attualmente ho un ottimo codice parallelizzato MPICH2 in FORTRAN ma quando aumentiamo i valori dei parametri gli array diventano troppo grandi per essere eseguiti in modalità di memoria distribuita. Ho accesso a un cluster con …

14 parallel-computing fortran numerics mpi compiling

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Quali sono i vantaggi relativi dell'utilizzo dell'algoritmo Adams-Moulton su Adams-Bashforth?

Sto risolvendo un sistema di due PDE accoppiati in due dimensioni spaziali e nel tempo computazionalmente. Poiché le valutazioni delle funzioni sono costose, vorrei utilizzare un metodo a più fasi (inizializzato utilizzando Runge-Kutta 4-5). Il metodo Adams-Bashforth che utilizza cinque precedenti valutazioni di funzioni ha un errore globale di (questo …

14 pde algorithms finite-element error-estimation

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Confronto tra i metodi di iterazione: numero di iterazioni rispetto al tempo della CPU

Sto confrontando due metodi iterativi per invertire matrici quadrate casuali. Poiché le matrici sono casuali, ogni caso di test richiede sia quantità diverse di iterazioni sia tempi diversi. La mia domanda è, oltre al tempo medio della CPU, il valore medio delle iterazioni prese da entrambi i metodi informazioni utili …

14 performance benchmarking

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Riferimenti citabili per le migliori pratiche di software

Attualmente sto scrivendo la mia tesi di dottorato. Ho speso una parte significativa del mio dottorato di ricerca per ripulire ed estendere il codice scientifico esistente, applicando le migliori pratiche di ingegneria del software che non erano state precedentemente utilizzate e vorrei scriverne nella mia tesi. Piuttosto che semplicemente dire …

14 reference-request

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Informatica scientifica con Python con GPU moderne con doppia precisione

Qualcuno qui ha usato il calcolo scientifico a doppia precisione con GPU di nuova generazione (ad es. K20) tramite Python? So che questa tecnologia è in rapida evoluzione, ma qual è il modo migliore per farlo attualmente? La GPU è fuori portata per le famose librerie scientifiche di Python numpy …

14 python gpu precision

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FeniCS: visualizzazione di elementi di ordine elevato

Ho appena iniziato a scherzare con FEniCS. Sto risolvendo Poisson con elementi del 3 ° ordine e vorrei visualizzare i risultati. Tuttavia, quando uso la trama (u), la visualizzazione è solo un'interpolazione lineare dei risultati. Ottengo la stessa cosa quando eseguo l'output su VTK. In un altro codice con cui …

14 finite-element fenics