Scienza computazionale

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Quali strumenti o approcci sono disponibili per velocizzare il codice scritto in Python?

Background: penso che potrei voler portare un po 'di codice che calcola i prodotti a vettore esponenziale della matrice usando un metodo subspaziale Krylov da MATLAB a Python. (In particolare, la funzione expmvp di Jitse Niesen , che utilizza un algoritmo descritto in questo documento .) Tuttavia, so che a …

29 performance python

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Qual è un buon modo per eseguire studi di parametri in C ++

Il problema Attualmente sto lavorando a una simulazione di Navier Stokes agli elementi finiti e vorrei studiare gli effetti di una varietà di parametri. Alcuni parametri sono specificati in un file di input o tramite le opzioni della riga di comando; altri parametri sono forniti come flag in un Makefile, …

29 software finite-element python c++

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Dove si infrangono le leggi della meccanica quantistica nelle simulazioni?

Come qualcuno che ha conseguito una laurea in fisica sono stato un po 'scandalizzato quando ho iniziato a lavorare con simulazioni molecolari. È stato un po 'scioccante scoprire che anche le simulazioni più dettagliate e costose dal punto di vista computazionale non possono riprodurre quantitativamente l'intero comportamento dell'acqua dai primi …

29 quantum-mechanics simulation

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Buoni esempi di "due è facile, tre è difficile" nelle scienze computazionali

Di recente ho incontrato una formulazione del meta-fenomeno : " due è facile, tre è difficile " (così definito da Federico Poloni), che può essere descritto come segue: Quando viene formulato un determinato problema per due entità, è relativamente facile da risolvere; tuttavia, un algoritmo per una formulazione di tre …

29 linear-algebra computational-physics computational-geometry computational-chemistry

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Un determinante minuscolo implica mal condizionamento di una matrice?

det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 È vero anche il contrario? Una matrice mal condizionata ha un determinante quasi zero? Ecco qualcosa che ho provato in Octave: a = rand(4,4); det(a) %0.008 cond(a)%125 a(:,4) = 1*a(:,1) + 2*a(:,2) = 0.000000001*ones(4,1); det(a)%1.8E-11 cond(a)%3.46E10

29 linear-algebra condition-number

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Di quali funzionalità hanno bisogno gli utenti da un'interfaccia MPI C ++?

Vuoi migliorare questo post? Fornisci risposte dettagliate a questa domanda, comprese le citazioni e una spiegazione del perché la tua risposta è corretta. Le risposte senza dettagli sufficienti possono essere modificate o eliminate. La versione 3.0 dello standard MPI ha eliminato formalmente l'interfaccia C ++ (era precedentemente deprecata). Sebbene le …

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Trattare con l'inverso di una matrice simmetrica (covarianza) definita positiva?

In statistica e nelle sue varie applicazioni, spesso calcoliamo la matrice di covarianza , che è definita positiva (nei casi considerati) e simmetrica, per vari usi. A volte, abbiamo bisogno dell'inverso di questa matrice per vari calcoli (forme quadratiche con questo inverso come la (sola) matrice centrale, per esempio). Date …

27 linear-algebra matrix

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Qual è il modo più veloce per calcolare il più grande autovalore di una matrice generale?

EDIT: sto testando se gli autovalori hanno una grandezza di uno o più. Devo trovare il più grande autovalore assoluto di una matrice sparsa, non simmetrica. Ho usato la eigen()funzione di R , che utilizza l'algo QR di EISPACK o LAPACK per trovare tutti gli autovalori e quindi uso abs()per …

27 linear-algebra algorithms eigensystem sparse-matrix

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Esistono problemi / algoritmi famosi nell'informatica scientifica che non possono essere accelerati dalla parallelizzazione

Questa domanda è stata migrata da StackTranslate.it perché è possibile rispondere a Scambio stack di scienza computazionale. Migrato 7 anni fa . Esistono problemi / algoritmi famosi nel calcolo scientifico che non possono essere accelerati dalla parallelizzazione? Mi sembra che leggendo libri su CUDA che la maggior parte delle cose …

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Quale pacchetto dovrei usare per avvolgere Modern Fortran Code con Python?

Conosco e ho usato f2py2e per racchiudere il vecchio codice Fortran 77, ma la mia comprensione è che non funziona con il nuovo codice Fortran 95. Ho studiato cosa dovrei usare e mi sono imbattuto in fwrap e G3 f2py, nessuno dei quali sembra dare alcuna spiegazione del loro stato …

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Permettere una matrice sul posto in numpy

Voglio modificare una densa matrice di transizione quadrata sul posto cambiando l'ordine di molte delle sue righe e colonne, usando la libreria numpy di Python. Matematicamente questo corrisponde a pre-moltiplicare la matrice per la matrice di permutazione P e post-moltiplicarla per P ^ -1 = P ^ T, ma questa …

27 linear-algebra python numpy

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Qual è la relazione tra BLAS, LAPACK e altre librerie di algebra lineare?

Ho cercato le librerie di algebra lineare C ++ per un progetto a cui stavo lavorando. Qualcosa su cui ancora non ho alcuna comprensione è la connessione di BLAS e LAPACK ad altre librerie di algebra lineare. Guardando questo articolo sulle librerie di algebra lineare ho trovato interessante che: alcune …

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Crank-Nicolson è uno schema di discretizzazione stabile per l'equazione Reazione-Diffusione-Avanzamento (convezione)?

Non ho molta familiarità con i comuni schemi di discretizzazione per le PDE. So che Crank-Nicolson è uno schema popolare per discretizzare l'equazione di diffusione. È anche una buona scelta per il termine di consulenza? Sono interessante nel risolvere l' equazione Reazione-Diffusione-Advection , ∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f\frac{\partial u}{\partial t} + \nabla \cdot \left( …

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Librerie di triangolazione Delaunay più veloci per set di punti 3D

Qual è la libreria più veloce per eseguire la triangolazione delaunay di set con milioni se punti 3D? Sono disponibili anche versioni GPU? Dall'altro lato, avendo la tessellazione voronoi della stessa serie di punti, sarebbe d'aiuto (in termini di prestazioni) per ottenere la triangolazione delaunay?

26 computational-geometry delaunay-triangulation voronoi-diagrams

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Come si verifica un'implementazione numerica del solutore ODE?

Questa domanda è stata migrata dallo scambio di stack di matematica perché è possibile rispondere allo scambio di stack di scienza computazionale. Migrato 6 anni fa . Sto per iniziare a lavorare su una libreria software di solutori numerici ODE e sto lottando su come formulare test per le implementazioni …

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