Scienza computazionale

Domande e risposte per gli scienziati che utilizzano i computer per risolvere problemi scientifici

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Qual è il costo computazionale di
Uno dei principali problemi che dobbiamo affrontare nelle simulazioni molecolari è il calcolo delle forze dipendenti dalla distanza. Se possiamo limitare le funzioni di forza e distanza per avere anche poteri della distanza di separazione , allora possiamo semplicemente calcolare il quadrato della distanza e non dovremo preoccuparci di . …
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Compressione di dati in virgola mobile
Esistono strumenti appositamente progettati per la compressione di dati scientifici in virgola mobile? Se una funzione è fluida, c'è ovviamente molta correlazione tra i numeri che rappresentano quella funzione, quindi i dati dovrebbero comprimersi bene. Comprimere / decomprimere i dati binari in virgola mobile non li comprime così bene. Mi …
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Consigli ed esperienze su quale licenza scegliere per il software?
Gli sviluppatori di software hanno la scelta di scegliere una licenza appropriata in base agli obiettivi del lavoro. Qualcuno può dare alcuni consigli / esperienze su quale licenza scegliere per il software? Quali sono i pro / contro di "regalare" tutto il lavoro in codice come codici open source? Come …
26 software 
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Visualizzazione di grafici di collegamento molto grandi
Sto cercando uno strumento per visualizzare grafici di collegamenti direzionali molto grandi. Al momento ho ~ 2 milioni di nodi con ~ 10 milioni di bordi. Ho provato alcune cose diverse, ma la maggior parte impiega ore a fare anche grafici di nodi da 100k Cosa ho provato: ho trascorso …
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BFGS vs. metodo del gradiente coniugato
Quali considerazioni dovrei prendere nella scelta tra BFGS e gradiente coniugato per l'ottimizzazione? La funzione che sto cercando di adattare a queste variabili sono funzioni esponenziali; tuttavia, l'effettiva funzione oggettiva comporta l'integrazione, tra le altre cose, ed è molto costosa se ciò aiuta affatto.
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Esiste un software in grado di generare automaticamente routine in virgola mobile a precisione numerica da formule simboliche?
Data una funzione reale di variabili reali, è disponibile un software in grado di generare automaticamente un codice numericamente accurato per calcolare la funzione su tutti gli ingressi di una macchina dotata di IEEE 754 aritmetica? Ad esempio, se la funzione reale da valutare fosse: Il software prenderebbe in considerazione …
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Come devo installare un compilatore Fortran su un Mac? (OS X 10.x, x> = 4)
Domanda correlata: stato del sistema operativo Mac in Informatica scientifica e HPC Un numero significativo di pacchetti software nella scienza computazionale è scritto in Fortran e Fortran non sta andando via. Per compilare altri pacchetti software è necessario anche un compilatore Fortran (un esempio notevole è SciPy ). Tuttavia, Mac …
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Metodo per l'integrazione numerica dell'integrale oscillatorio difficile
Devo valutare numericamente l'integrale di seguito: ∫∞0sinc′(xr)rE(r)−−−−√dr∫0∞sinc′(xr)rE(r)dr\int_0^\infty \mathrm{sinc}'(xr) r \sqrt{E(r)} dr dove ,x∈R+eλ,κ,ν>0. QuiKè la funzione di Bessel modificata del secondo tipo. Nel mio caso particolare hoλ=0,00313,κ=0,00825eν=0,33.E(r)=r4(λκ2+r2−−−−−−√)−ν−5/2K−ν−5/2(λκ2+r2−−−−−−√)E(r)=r4(λκ2+r2)−ν−5/2K−ν−5/2(λκ2+r2)E(r) = r^4 (\lambda\sqrt{\kappa^2+r^2})^{-\nu-5/2} K_{-\nu-5/2}(\lambda\sqrt{\kappa^2+r^2})x∈R+x∈R+x \in \mathbb{R}_+λ,κ,ν>0λ,κ,ν>0\lambda, \kappa, \nu >0KKKλ =0.00313λ=0,00,313 mila\lambda = 0.00313κ = 0,00825κ=0,00,825 mila\kappa = 0.00825ν= 0,33ν=0,33\nu = 0.33 Sto usando …
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Cosa significa "simplettico" in riferimento agli integratori numerici, e l'odeo di SciPy li usa?
In questo commento ho scritto: ... integratore SciPy predefinito, che presumo utilizza solo metodi simplettici. in cui mi riferisco a SciPy's odeint, che utilizza un "metodo non rigido (Adams)" o un "metodo rigido (BDF)". Secondo la fonte : def odeint(func, y0, t, args=(), Dfun=None, col_deriv=0, full_output=0, ml=None, mu=None, rtol=None, atol=None, …
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Conservazione di una quantità fisica quando si usano le condizioni al contorno di Neumann applicate all'equazione di diffusione-avanzamento
Non capisco il diverso comportamento dell'equazione diffusione-avviso quando applico diverse condizioni al contorno. La mia motivazione è la simulazione di una quantità fisica reale (densità delle particelle) sotto diffusione e consulenza. La densità delle particelle deve essere conservata all'interno, a meno che non fuoriesca dai bordi. Secondo questa logica, se …
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Quando dovrei usare i modelli di espressione C ++ nella scienza computazionale e quando * non * usarli?
Supponiamo che sto lavorando su un codice scientifico in C ++. In una recente discussione con un collega, è stato affermato che i modelli di espressione potrebbero essere davvero una brutta cosa, rendendo potenzialmente il software compilabile solo su alcune versioni di gcc. Presumibilmente, questo problema ha interessato alcuni codici …
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