Domande taggate «r»

Usa questo tag per qualsiasi domanda * sull'argomento * che (a) coinvolga `R` come parte critica della domanda o risposta prevista, e (b) non è * solo * su come usare` R`.

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Intervallo di predizione per il modello di effetti misti lmer () in R
Voglio ottenere un intervallo di previsione attorno a una previsione da un modello lmer (). Ho trovato alcune discussioni su questo: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq ma sembrano non tenere conto dell'incertezza degli effetti casuali. Ecco un esempio specifico. Sto correndo pesce d'oro. Ho dei dati sulle ultime 100 gare. Voglio prevedere il …
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Perché glmer non raggiunge la massima probabilità (come verificato applicando un'ulteriore ottimizzazione generica)?
Derivare numericamente gli MLE di GLMM è difficile e, in pratica, lo so, non dovremmo usare l'ottimizzazione della forza bruta (ad esempio, usando optimin modo semplice). Ma per il mio scopo educativo, voglio provarlo per assicurarmi di capire correttamente il modello (vedi il codice qui sotto). Ho scoperto che ottengo …
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Perché i miei valori p differiscono tra l'output di regressione logistica, il test chi-quadrato e l'intervallo di confidenza per l'OR?
Ho costruito una regressione logistica in cui la variabile di risultato viene curata dopo aver ricevuto il trattamento ( Curevs. No Cure). Tutti i pazienti in questo studio hanno ricevuto un trattamento. Sono interessato a vedere se il diabete è associato a questo risultato. In R il mio output di …
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Il segno dei punteggi o dei caricamenti in PCA o FA ha un significato? Posso invertire il segno?
Ho eseguito l'analisi dei componenti principali (PCA) con R usando due diverse funzioni ( prcompe princomp) e ho osservato che i punteggi PCA differivano nel segno. Come può essere? Considera questo: set.seed(999) prcomp(data.frame(1:10,rnorm(10)))$x PC1 PC2 [1,] -4.508620 -0.2567655 [2,] -3.373772 -1.1369417 [3,] -2.679669 1.0903445 [4,] -1.615837 0.7108631 [5,] -0.548879 0.3093389 …
37 r  pca  factor-analysis 
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Analisi di serie temporali di convalida incrociata
Ho usato il pacchetto caret in R per costruire modelli predittivi per la classificazione e la regressione. Caret fornisce un'interfaccia unificata per mettere a punto gli iperparametri del modello mediante validazione incrociata o avvio del boot. Ad esempio, se stai costruendo un semplice modello di "vicini più vicini" per la …
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Perché il test di Mantel è preferito a me di Moran?
Il test di Mantel è ampiamente utilizzato negli studi biologici per esaminare la correlazione tra la distribuzione spaziale degli animali (posizione nello spazio) con, ad esempio, la loro relazione genetica, il tasso di aggressività o qualche altro attributo. Molte buone riviste lo stanno utilizzando ( PNAS, comportamento animale, ecologia molecolare …
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Quanto sono affidabili gli intervalli di confidenza per gli oggetti lmer attraverso il pacchetto effetti?
EffectsIl pacchetto fornisce un modo molto veloce e conveniente per tracciare risultati di modelli a effetto misto lineare ottenuti attraverso il lme4pacchetto . La effectfunzione calcola gli intervalli di confidenza (IC) molto rapidamente, ma quanto sono affidabili questi intervalli di confidenza? Per esempio: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength …
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Come interpretare i coefficienti dall'adattamento di un modello polinomiale?
Sto cercando di creare un polinomio del secondo ordine adatto ad alcuni dati che ho. Diciamo che ho tracciato questo adattamento con ggplot(): ggplot(data, aes(foo, bar)) + geom_point() + geom_smooth(method="lm", formula=y~poly(x, 2)) Ottengo: Quindi, un secondo ordine funziona abbastanza bene. Lo calcolo con R: summary(lm(data$bar ~ poly(data$foo, 2))) E ottengo: …
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