Scienza computazionale

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Quali sono i vantaggi e gli svantaggi degli algoritmi di parallelizzazione di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio?

Sto eseguendo simulazioni di dinamica molecolare (MD) utilizzando diversi pacchetti software, come Gromacs e DL_POLY. Gromacs ora supporta gli algoritmi di decomposizione delle particelle e di decomposizione del dominio. Per impostazione predefinita, le simulazioni Gromacs utilizzano la decomposizione del dominio, sebbene per molti anni, fino a poco tempo fa, la …

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Strategie di I / O per problemi computazionali con set di dati di grandi dimensioni?

Il mio gruppo di ricerca si concentra sulla dinamica molecolare, che ovviamente può generare gigabyte di dati come parte di un'unica traiettoria che deve quindi essere analizzata. Molti dei problemi di cui ci occupiamo riguardano correlazioni nel set di dati, il che significa che dobbiamo tenere traccia di grandi quantità …

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Esistono implementazioni ILU multilivello inverse basate su più livelli?

Sono rimasto molto colpito dalle prestazioni seriali dei precondizionatori ILU multilivello basati su inverse , in particolare per l' eterogenea Helmholtz , ma sono sorpreso di non riuscire a trovare implementazioni open source. In particolare, ILUPACK rende i binari liberamente disponibili per gli accademici, ma non sembra che rilascino il …

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Perché il mio ridimensionamento della moltiplicazione Matrix-Vector?

Ci scusiamo per il lungo post, ma volevo includere tutto ciò che pensavo fosse rilevante al primo tentativo. Quello che voglio Sto implementando una versione parallela dei metodi di sottospazio di Krylov per le matrici dense. Principalmente GMRES, QMR e CG. Mi sono reso conto (dopo la profilazione) che la …

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Quanto è efficace l'approccio dei "viticci della conoscenza" al Comp. Sci?

Stavo leggendo questo su Math SE. La domanda di base è: Supponiamo che qualcuno desideri studiare qualcosa di avanzato; un modo per farlo sarebbe iniziare dalle basi e svilupparsi. Ma il "quadro più ampio" può perdersi in questo processo. Un altro metodo (che preferisco chiamare Wiki ricorsivo) è quello di …

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Quali sono alcune applicazioni che richiedono l'aritmetica degli intervalli?

Ho una nozione di base sull'aritmetica degli intervalli (IA), ma sembra essere un ramo molto interessante della scienza computazionale sia teoricamente che praticamente. È chiaro che le applicazioni ovvie sono computazioni verificate e problemi sbagliati, ma questo è troppo astratto. Dato che ci sono molte persone coinvolte nei calcoli applicati …

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La soluzione di un sistema lineare di equazioni può essere approssimata solo per le prime variabili?

Ho un sistema lineare di equazioni di dimensione mxm, dove m è grande. Tuttavia, le variabili che mi interessano sono solo le prime n variabili (n è piccola rispetto a m). Esiste un modo per approssimare la soluzione per i primi valori m senza dover risolvere l'intero sistema? In tal …

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Problema di fattibilità di programmazione lineare con rigidi vincoli di positività

Esiste un sistema di vincoli lineari . Vorrei trovare un vettore strettamente positivo che soddisfi questi vincoli. Ciò significa che è richiesto per ogni componente di . Come posso usare un solutore LP per trovare un vettore così strettamente positivo (o confermare che non esiste )? Non posso semplicemente introdurre …

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Un metodo subspaziale di Krylov può essere usato come più fluido per multigrid?

Per quanto ne so, i solutori multigrid usano levigatori iterativi come Jacobi, Gauss-Seidel e SOR per smorzare l'errore a varie frequenze. È possibile utilizzare un metodo subspaziale di Krylov (come gradiente coniugato, GMRES, ecc.)? Non penso che siano classificati come "lisciatori", ma possono essere usati per approssimare la soluzione a …

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Come riordinare le variabili per produrre una matrice fasciata con larghezza di banda minima?

Sto cercando di risolvere un'equazione di Poisson 2D con differenze finite. Nel processo, ottengo una matrice sparsa con solo variabili in ogni equazione. Ad esempio, se le variabili fossero , la discretizzazione produrrebbe:U555UUU Ui - 1 , j+ Ui + 1 , j- 4 Uio , j+ Uio , j …

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Come derivare la formulazione debole di un'equazione differenziale parziale per il metodo degli elementi finiti?

Ho preso un'introduzione di base al metodo degli elementi finiti, che non ha enfatizzato una comprensione sofisticata di una "formulazione debole". Capisco che con il metodo galerkin, moltiplichiamo entrambi i lati del PDE (ellittico) per una funzione di test e quindi integriamo (per parti o per teorema di divergenza). A …

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Stima dei numeri di condizione per matrici molto grandi

Quali approcci vengono utilizzati nella pratica per stimare il numero di condizioni delle matrici sparse di grandi dimensioni?

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Che cos'è un precondizionatore scalabile per Helmholtz ad alta frequenza?

I metodi standard di decomposizione multigrid e di dominio non funzionano, ma ho grossi problemi 3D e i risolutori diretti non sono un'opzione. Quali metodi devo provare? In che modo le mie considerazioni sono influenzate dalle seguenti considerazioni? i coefficienti variano su diversi ordini di grandezza, oppure Vengono utilizzati elementi …

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Come posso stimare il numero di condizione di una matrice sparsa grande usando PETSc?

Ho una PETSc Mate vorrei stimare il suo numero di condizione.

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Come viene implementato B3LYP in Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro, ... ecc?

In particolare, voglio estendere il lavoro su B3LYP iniziato con Gaussian 03 ma continuato con GAMESS-US. Le energie fornite dai metodi B3LYP predefiniti non sono le stesse. C'è una discussione al riguardo nel manuale GAMESS-US (sezione Ulteriori informazioni): Si noti che B3LYP in GAMESS si basa in parte sulla funzione …

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