Statistiche e Big Data jags

4

Sto per provare un ambiente in stile BUGS per stimare i modelli bayesiani. Ci sono dei vantaggi importanti da considerare nella scelta tra OpenBugs o JAGS? È probabile che uno sostituisca l'altro nel prossimo futuro? Userò il Gibbs Sampler scelto con R. Non ho ancora un'applicazione specifica, ma piuttosto sto …

41 r software bugs jags gibbs

1

Per quali distribuzioni differiscono le parametrizzazioni in BUGS e R?

Ho trovato alcune distribuzioni per le quali BUGS e R hanno parametrizzazioni diverse: normale, log-normale e Weibull. Per ognuno di questi, ho capito che il secondo parametro utilizzato da R deve essere trasformato inverso (1 / parametro) prima di essere utilizzato in BUGS (o JAGS nel mio caso). Qualcuno sa …

31 r distributions bugs jags parameterization

2

Quali distribuzioni precedenti potrebbero / dovrebbero essere utilizzate per la varianza in un modello gerarchico bayesisan quando la varianza media è interessante?

Nel suo ampiamente citato documento Distribuzioni precedenti per parametri di varianza in modelli gerarchici (916 citazione finora su Google Scholar) Gelman propone che buone distribuzioni precedenti non informative per la varianza in un modello bayesiano gerarchico siano la distribuzione uniforme e la distribuzione della mezza t. Se capisco bene le …

16 bayesian variance prior jags hierarchical-bayesian

3

Selezione variabile bayesiana: funziona davvero?

Ho pensato di poter giocare con un po 'di selezione delle variabili bayesiane, seguendo un bel post sul blog e i relativi documenti. Ho scritto un programma in rjags (dove sono piuttosto un principiante ) e ho recuperato i dati sui prezzi per Exxon Mobil, insieme ad alcune cose che …

14 regression bayesian multiple-regression feature-selection jags

2

Parametri senza priori definiti in Stan

Ho appena iniziato a imparare a usare Stan e rstan. A meno che non sia sempre stato confuso su come funzionava JAGS / BUGS, ho pensato che dovevi sempre definire una distribuzione precedente di qualche tipo per ogni parametro nel modello da cui attingere. Sembra che non sia necessario farlo …

14 mcmc prior jags graphical-model stan

1

Regressione logistica bayesiana regolarizzata in JAGS

Esistono diversi documenti matematici che descrivono il lazo bayesiano, ma voglio un codice JAGS testato e corretto che posso usare. Qualcuno potrebbe pubblicare un codice BUGS / JAGS di esempio che implementa la regressione logistica regolarizzata? Qualsiasi schema (L1, L2, Elasticnet) sarebbe fantastico, ma è preferito Lasso. Mi chiedo anche …

13 bayesian logistic lasso jags regularization

2

MCMC converge in un singolo valore?

Sto cercando di adattare un modello gerarchico usando jags e il pacchetto rjags. La mia variabile di risultato è y, che è una sequenza di prove di bernoulli. Ho 38 soggetti umani che si esibiscono in due categorie: P e M. Sulla base della mia analisi, ogni oratore ha una …

13 mcmc multilevel-analysis jags

1

Come generare previsioni con rjags?

Ho usato rjags per eseguire MCMC su un modello, specificato nel linguaggio JAGS. C'è un buon modo per estrarre quel modello ed eseguire previsioni con esso (usando le distribuzioni posteriori dei miei parametri)? Posso specificare nuovamente il modello in R e collegare le modalità dei miei parametri posteriori; Mi chiedo …

12 r jags

2

Come posso impostare un poisson gonfiato a zero in JAGS?

Sto cercando di impostare un modello poisson gonfiato a zero in R e JAGS. Sono nuovo di JAGS e ho bisogno di alcune indicazioni su come farlo. Ho provato con quanto segue in cui y [i] è la variabile osservata model { for (i in 1:I) { y.null[i] <- 0 …

12 r poisson-distribution jags zero-inflation

2

In che modo programmi come BUGS / JAGS determinano automaticamente le distribuzioni condizionali per il campionamento di Gibbs?

Sembra che i condizionali completi siano spesso piuttosto difficili da ricavare, ma programmi come JAGS e BUGS li derivano automaticamente. Qualcuno può spiegare come generano algoritmicamente i condizionali completi per qualsiasi specifica di modello arbitraria?

11 bayesian conditional-probability jags bugs gibbs

1

Gestione dell'alta autocorrelazione in MCMC

Sto costruendo un modello bayesiano gerarchico piuttosto complesso per una meta-analisi usando R e JAGS. Semplificando un po ', i due livelli chiave del modello hanno dove è la esima osservazione del endpoint (in questo caso, rese colturali GM / non GM) nello studio , è l'effetto per lo studio …

10 autocorrelation multilevel-analysis mcmc jags

3

Regressione generalizzata ponderata in BUG, JAGS

In R"peso precedente" possiamo glmregredire tramite il parametro pesi . Per esempio: glm.D93 <- glm(counts ~ outcome + treatment, family = poisson(), weights=w) Come può essere realizzato in un JAGSo BUGSmodello? Ho trovato alcuni articoli che ne discutono, ma nessuno di loro fornisce un esempio. Sono interessato principalmente agli esempi …

10 bayesian generalized-linear-model jags bugs weighted-regression

2

Modelli gerarchici per confronti multipli - contesto di risultati multipli

Ho appena (ri) letto il perché di Gelman (di solito) non dobbiamo preoccuparci di confronti multipli . In particolare, la sezione "Risultati multipli e altre sfide" menziona l'uso di un modello gerarchico per situazioni in cui vi sono più misure correlate della stessa persona / unità in tempi / condizioni …

10 multiple-comparisons multilevel-analysis lme4-nlme jags hierarchical-bayesian

2

Come posso modellare una proporzione con BUGS / JAGS / STAN?

Sto cercando di costruire un modello in cui la risposta è proporzionale (in realtà è la percentuale di voti che un partito ottiene nei collegi elettorali). La sua distribuzione non è normale, quindi ho deciso di modellarlo con una distribuzione beta. Ho anche diversi predittori. Tuttavia, non so come scriverlo …

10 bayesian jags bugs beta-regression stan

2

Censura / troncamento in JAGS

Ho una domanda su come adattare un problema di censura in JAGS. Osservo una miscela bivariata normale in cui i valori X presentano errori di misurazione. Vorrei modellare i veri "mezzi" sottostanti dei valori censurati osservati. ⌈ xt r u e+ ϵ ⌉ = xo b s e r v …

10 mcmc censoring truncation jags

Domande taggate «jags»