Domande taggate «genetics»

Lo studio scientifico dei principi dell'ereditarietà e della variazione dei tratti ereditari tra organismi affini.

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Selezione delle funzioni per il modello "finale" quando si esegue la validazione incrociata nell'apprendimento automatico
Mi sto confondendo un po 'sulla selezione delle funzionalità e sull'apprendimento automatico e mi chiedevo se potevi aiutarmi. Ho un set di dati di microarray che è classificato in due gruppi e ha migliaia di funzionalità. Il mio obiettivo è quello di ottenere un piccolo numero di geni (le mie …
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Quali sono i valori corretti per precisione e richiamo nei casi limite?
La precisione è definita come: p = true positives / (true positives + false positives) È corretto che, come true positivese false positivesavvicinarsi a 0, la precisione si avvicina a 1? Stessa domanda da ricordare: r = true positives / (true positives + false negatives) Attualmente sto implementando un test …
20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 
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Come funziona la normalizzazione quantile?
Negli studi sull'espressione genica usando microarrays, i dati di intensità devono essere normalizzati in modo che le intensità possano essere confrontate tra individui, tra geni. Concettualmente e algoritmicamente, come funziona la "normalizzazione quantile" e come spiegheresti questo a un non statistico?
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Calcolo della probabilità di sovrapposizione dell'elenco genico tra un set di dati RNA seq e un chip ChIP
Spero che qualcuno su questi forum possa aiutarmi con questo problema di base negli studi sull'espressione genica. Ho fatto il sequenziamento profondo di un tessuto sperimentale e di controllo. Ho quindi ottenuto valori di arricchimento di piega dei geni nel controllo sperimentale del campione. Il genoma di riferimento ha ~ …
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Analisi di potenza per analisi di sopravvivenza
Se ipotizzo che una firma genica identifichi soggetti a minor rischio di recidiva, ciò è diminuito di 0,5 (hazard ratio di 0,5) il tasso di eventi nel 20% della popolazione e intendo usare campioni di uno studio di coorte retrospettivo la dimensione del campione deve essere regolata per numeri dispari …
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Penalizzazione soft-soglia vs. lazo
Sto cercando di riassumere ciò che ho capito finora nell'analisi multivariata penalizzata con insiemi di dati ad alta dimensione, e ancora faccio fatica a ottenere una definizione corretta della penalizzazione a soglia morbida rispetto al lasso (o ).L1L1L_1 Più precisamente, ho usato la regressione PLS sparsa per analizzare la struttura …
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